蕅益大师倡禅教律三学一源之说，三学之结穴归根则在念佛一门。念佛三昧名宝王三昧，三昧中王，凡偏圆权实之种种三昧，无不从此三昧中流出，亦无不还归此三昧门。净宗念佛法门圆顿之要旨，体现出广度利钝众生的善巧方便。
当时有卓左车居士以崇禅抑净之心，投书问难于大师 ：如何是念佛门中通身入理向上一路，直踏毗卢顶上行作略？如何是学人初下手时便离四句、绝百非念佛？如何是念佛人最后极则淆讹处脑后一锤？从来宗门语句，壁立万仞，一涉净土，定属廉纤。冀和尚将向来自性弥陀、唯心净土等语，撇向一边，亲见如来境界，快说一番，震动大千世界。
大师答言：向上一著，非净非禅，即禅即净，才言参究，已是曲为下根。果大丈夫，自应谛信是心作佛，是心是佛。设一念与佛有隔，不名念佛三昧；若念念与佛无间，何劳更问阿谁？净土极则事，无念外之佛为念所念，无佛外之念能念于佛；正下手时，便不落四句百非，通身拶入；但见阿弥陀佛一毛孔光，即见十方无量诸佛；但生西方极乐一佛国土，即生十方诸佛净土，此是向上一路。若舍现前弥陀，别言自性弥陀；舍西方净土，别言唯心净土，此是淆讹公案。
经云：三贤十圣住果报，惟佛一人居净土，此是脑后一锤。普贤十大愿王，导归极乐，谁敢收作权乘？忆佛念佛，不假方便，自得心开，谁谓定属廉纤？但能深信此门，依信立愿，依愿起行，则念念流出无量如来，遍坐十方微尘国土，转大法轮，照古照今，非为分外，何止震动大千世界而已。答语明快犀利。
大师回答弟子恭请心要之问，答云：心要莫若念佛。念佛心即是佛。是故念一声，有一声佛名显现 ；念十百千万声，有十百千万佛名显现；而不念时便寂然。念性既是缘生无性，则无性不碍缘生。倘不念佛，正恐又生种种杂念；纵不生杂念，亦恐堕在无生窠臼。故必以佛号生我之念，使我念念不离佛号，此乃心外无佛，佛外无心；是心作佛，是心是佛。
果如此信得及，直下念去，则诸佛出广长舌相以证之。若人专念弥陀佛，号曰无上深妙禅。至心想像见佛时，即是不生不灭法。金口诚言，可不信哉！
大师从一即一切的圆顿理念出发，判言念佛法门乃总持一切的妙法。《示念佛法门》云：岂知念得阿弥陀佛熟，三藏十二部极则教理，都在里许；千七百公案向上机关，亦在里许；三千威仪，八万细行，三聚净戒，亦在里许。
真能念佛，放下身心世界，即大布施；
真能念佛，不复起贪瞋痴，即大持戒；
真能念佛，不计是非人我，即大忍辱；
真能念佛，不稍间断夹杂，即大精进；
真能念佛，不复妄想驰逐，即大禅定；
真能念佛，不为他歧所惑，即大智慧。
这段文句与莲池大师的一句阿弥陀佛，赅罗八教，圆摄五宗之说，同一韵致。