于显庆四年(659) 冬十月，由长安移至坊州玉华宫寺(现在陕西铜川焦坪煤矿)。
从翌年春正月一日开始翻译此经。
时诸大德以经文广大，曾请仿照罗什的译例，删去繁重;
玄奘心有未安，为求周详，悉依梵本，不加省略；并于翻译时，参照所赍来的三种梵本，文有疑误，即详加校定，殷勤省覆，审慎周详。他的上首弟子大乘光、大乘钦、嘉尚等在场笔受。
玄奘译时每虑无常，经常勉励诸人努力加勤，莫辞劳苦。
至龙朔三年冬十月二十三日译成为六百卷，分十六会。
其中前代已有译本，而由奘，加以重译，或改译的有六会：
即第二会旧有西晋无罗叉译二十卷本《放光般若经》、竺法护译二十卷本《光赞经》、姚秦鸠摩罗什译二十七卷本《摩诃般若波罗蜜经》三种，而重译为七十八卷。
第四会旧有后汉支娄迦谶译十卷本《道行般若经》、吴支谦译六卷本《大明度经》，苻秦昙摩蜱共竺佛念译五卷本《摩诃般若钞经》、姚秦鸠摩罗什译十卷本《小品般若波罗蜜经》四种，而重译为十八卷。
第六会旧有陈月婆首那译七卷本《胜天王般若波罗蜜经》一种，而改译为八卷。
第七会旧有梁曼陀罗仙译二卷本《文殊师利所说摩诃般若波罗蜜经》、僧伽婆罗译一卷本《文殊师利所说般若波罗蜜经》二种，而重译为二卷。
第八会旧有宋翔公译二卷本《濡首菩萨无上清净分卫经》一种，而重译为一卷。
第九会旧有姚秦鸠摩罗什译一卷本《金刚般若波罗蜜经》、北魏菩提流支译一卷本(同经)、陈真谛译一卷本(同经)、隋笈多译一卷本《金刚能断般若波罗蜜经》四种，而重译为一卷。
又前代未有译本而由奘初译出的有十会：
即初会四百卷、第三会五十九卷、第五会十卷、第十会一卷、第十一至十六会二十二卷，合共初译达四百九十二卷。