玄奘来到的时候，石塔和泉水都还在，更加奇妙的是，这处阿父师泉会随着求人的人数多少而改变水量--如果人多，下面就会出现一个小小的水洼；如果人少，也就只剩下一个小水坑。
听完这个传说后，玄奘对那位舍身求水的僧人非常敬佩，觉得他的行为才是佛家精神的最好诠释，便对着泉眼和悬崖上那座依稀可见的石塔遥遥膜拜起来，觉得阿耆尼国一定是个虔诚的佛教国家。
阿耆尼国虽然不大，但是盛产银矿，整个西域的银钱几乎都出自于离王城不远的银山里，因此国家非常富裕。富裕归富裕，这个国家的治安和民风却不太好，马队在离王城不远的地方竟然遭遇了一伙强盗，玄奘给了他们一点财物后才散去。当晚，马队露宿在王城附近的山谷里，与玄奘同行的几十个胡商为了早些进城开市，在半夜时抛下玄奘悄悄先走了。第二天玄奘一行往前走了一段路后，才发现他们全部被杀，财货也都被劫掠一空。这两件事使得玄奘对阿耆尼国的印象发生了改变--这个国家连王城附近治安都管理不好，更别说教化民众诚心向佛了。
不过来到王城后，玄奘还是得到了国王和大臣们的热烈欢迎，国王还专门派人前去服侍。按照惯例，玄奘也出示了麹文泰所写二十四封信里专门给阿耆尼王的那封信。
可问题就出在这里，阿耆尼王看完信后当场翻脸，不但撤去了对玄奘的所有礼遇，就连原本应该提供给玄奘一行换乘的马匹都拒而不给了。在古代，马匹是最主要的交通工具，但是一匹马的体力有限，不可能长时间赶路，因此每个国家都在境内设立了驿站，每个驿站不但给过路官员信使提供食宿休息，还准备了一些马匹供他们换乘。作为一个信佛的国家，为玄奘这样有名望的西行高僧提供换乘的马匹本应是分内之事，可阿耆尼王为什么会突然翻脸呢？
正所谓成也萧何败也萧何，麹文泰写信本意是要帮玄奘，可他忘了高昌国与阿耆尼国之间的关系--高昌国是当时西域中部比较强大的国家，虽然不敢得罪西突厥，但对伊吾和阿耆尼这样的小国却是呼来唤去，还经常派兵侵扰阿耆尼国。正因为欺负惯了，麹文泰在给阿耆尼王信里的语气可能也比较强硬，所以阿耆尼国王看完信后就把新仇旧恨全都算在了玄奘身上。
无辜的玄奘成了两国矛盾的牺牲品，为了避免更多的麻烦，玄奘没有在阿耆尼国多加停留，而是带着取经队伍继续西行。尽管行色匆匆，但阿耆尼国还是给玄奘留下了非常深刻的印象：
从阿父师泉的感动到银山遇劫，从商人的自私最终丧命到国王的心胸狭小，玄奘深深的感到了在小乘佛教的教化下，自私自利给国家和民众带来的恶果，也更加坚定了只有大乘佛教才能教化万民普渡众生的信念。《大唐西域记》之所以把阿耆尼国摆在第一个，恐怕不仅仅是因为行程和地理位置的缘故，更可能是玄奘刻意所为--从一个恶劣的国家开篇，既说明西行之路的艰难，也是在摆实例告诉我们，小乘佛教不可取，唯有大乘真经方可解救众生。
一时的窘境并不意味着一输到头，开始的时候踉跄一下，反而会让人以一种更加清醒的姿态去面对未知的旅程。因此，玄奘虽然是有些灰溜溜的离开阿耆尼国，但他却做到了冷眼旁观。
由于没能在阿耆尼王城得到充分的休整，所以玄奘一行很可能是在博斯腾湖畔补充水源，然后沿着发源于博斯腾湖的孔雀河南下，经由南北疆要冲铁门关后南下，然后才进入南疆地区（今新疆库尔勒一带）。
有的史料记载玄奘一行渡过了一条大河，有的记载是两条，从实际情况看，由于孔雀河在流出博斯腾湖后首先是自东向西在铁门关和库尔勒之间穿过，绕过库尔勒后折向由北向南，然后往东南经尉犁注入罗布泊，大体呈逆时针方向。因此，如果玄奘在离开博斯腾湖后是沿孔雀河北岸前行，那么就需要在铁门关先渡一次河来到南岸，经过库尔勒后再渡一次河才能继续西行；如果玄奘离开博斯腾湖后是沿孔雀河南岸前行，那么就能省去铁门关这一次渡河，直接进入库尔勒地区。所以，不论一次还是两次，玄奘所渡过的大河都是孔雀河，前者是指渡过的一条河是孔雀河，后者是指两次渡过孔雀河。