经过九年的准备，唐太宗于贞观十三年（也就是玄奘离开那烂陀寺在南印度游学期间）召麴文泰入朝。也许是看到了大唐对西域的野心，也许是害怕唐太宗的惩罚，麹文泰找了个借口没去长安，继续躲在高昌国当他的土皇帝。麹文泰的行为正好给了唐太宗出兵的借口。
贞观十三年十二月，唐太宗命侯君集为交河道行军大总管，左屯卫大将军薛万均为副总管，率步骑数万及突厥骑兵一同征讨高昌。唐军大兵压境，麴文泰又惊又怕，不久便忧惧而死，其子智盛即位。次年八月，唐军击败麴智盛后围困高昌王城。奉命前来救援高昌的西突厥大军见唐军强盛，于可汗浮图城率众归降。麴智盛见大势已去，不得不开城投降。攻灭高昌国后，唐朝于高昌置西州，于可汗浮图城置庭州，又置安西都护府于交河城，一举打通了由中原经河西走廊前往西域各国的通道，大大加强了对西域地区的控制，同时也有力的遏制了西突厥。
马玄志的消息非常及时，因为玄奘本打算在于阗休整一段时间后便北上高昌与义兄麹文泰见面，履行当年分别时许下的诺言，但现在故人已逝，诺言随风而去，徒留玄奘一人空自长叹。玄奘是个重情义的人，他曾想前往高昌去祭奠麹文泰，但是他没有这么做--高昌国是被大唐所灭，麹文泰是在唐军压境时忧惧而死，此时离高昌亡国不过四年，祭奠义兄，从情理上说无可厚非，但是朝廷的官员们会如何看？皇帝又会如何看？更何况自己还在指望朝廷赦免当年偷渡出关的罪过。在这个节骨眼儿上决不能横生枝节，决不能为了一己私情而坏了整个归国大计，让多年心血付之东流！
玄奘强忍住悲痛和对故人的追思，静下心来，用极为诚恳的语气给朝廷写了一封信，然后郑重的把这封信交给即将前往长安做生意的马玄志，拜托他务必把信呈交给朝廷。
商队走了，玄奘开始了漫长的等待，在此期间，玄奘一边在于阗周边游历，一边给当地人讲经弘法，对南部西域的风土人情也有了更深一步的了解。
春去秋来，这一等就是七八个月，大唐的使节终于来了，而且还带来了唐太宗的信笔信：
闻师访道殊域，今得归还，欢喜无量，可即速来与朕相见。
在这封信里，唐太宗对当年偷渡出关之事一字不提，非常高兴的让玄奘立刻赶去与他相见，还让他把随行通晓梵文佛经的僧人全都带上，同时命令于阗鄯善等地沿途护送，并派出官员在敦煌迎接，表现出了极为热诚的欢迎态度。唐太宗的回应让欣喜万分，也让他抛去了最后一丝顾虑。很快，玄奘就带着他的取经队伍浩浩荡荡的离开了于阗，踏上了令人激动的东归之旅。
玄奘从于阗出发，沿着塔克拉玛干大沙漠南缘、昆仑山脉北麓的丝绸西域南路东行，渡过了和田河、克里雅河、尼雅河、牙通古斯河、安迪尔河、喀拉米兰河后，在车尔臣河畔的且末遇到了鄯善派来迎接的队伍，然后沿车尔臣河继续往东，经若羌、楼兰进入疏勒河流域，最后来到敦煌。
玄奘只在敦煌停留了没几天，当他听说唐太宗已经离开长安前往洛阳主持辽东战事的时候，心里非常着急，他担心见不到这位英名伟大的君主，因此又给朝廷写了一封信汇报行程，一方面是为了信息沟通，也让朝廷和地方上来得及准备，一方面也是向唐太宗表达自己的迫切之心。写完信后，玄奘与信使同时上路，沿着当年走过的那条河西大道向帝都长安疾行。
时光流转，故事又回到了贞观十九年（公元645年），回到了大唐帝国的西京长安，回到了大唐皇帝给玄奘安排的译经之地--弘福寺。
玄奘一生跌宕起伏，他的经历可以分为三个阶段：第一阶段是从出生到西行取经之前，在这二十七年里，玄奘和大多数那个时代的僧人一样学习、游历，完成了作为一名佛学大师最初的知识积累和人格定型；第二阶段从他离开长安开始，一直到取经归来，在这十九年里，玄奘凭借顽强执着的精神和孜孜不倦的求学从一个小有名气的僧人变成一位受万众景仰的高僧；第三阶段起自取经归来，一直到他生命完结，也是十九年。十九年前，他为取经义无反顾；十九年后，他为译经全心投入。