第一方面从佛陀自证境界来说
佛陀的圆满成佛的境界本来是不可思议的，离一切相的，但是从离无明黑暗的角度来立名为“琉璃光”。“琉璃光”就是以如如之智来照如如之理，就是以始觉智来照本觉理，而显发自性本具的无边清净光明的功德。
佛果的圆满不可思议解脱境界，不可言说，所以经典之中经常以菩萨的因德来表达如来的果德。如毗卢遮那佛，以四大菩萨来彰显佛陀的大慈悲、大智慧、大行、大愿，大慈悲的观世音菩萨、大智慧的文殊菩萨、大行普贤和大愿地藏王菩萨，四大菩萨其实都是彰显毗卢遮那佛的果德。
同样的，本经以日光遍照菩萨和月光遍照菩萨来彰显药师佛的大智慧和大慈悲，以日光遍照彰显断尽三惑的大智慧，以月光遍照来彰显药师如来应病与药、拔苦与乐的大慈悲，好像日月的光辉遍照世间，药师佛悲智双运，普济一切，令众生能够获得现世乐、后世乐和究竟解脱乐，“琉璃光”比喻如青天，是本体，日、月运行于青天，所以就是东方三圣——药师琉璃光佛和日光遍照、月光遍照菩萨。
同样的，药师佛的大智慧、大慈悲也是从本来清净的真如自性所现起的无边妙用。六祖惠能大师说：“菩提自性，本来清净，但用此心，直了成佛。”本来清净的自性就是“琉璃光”，药师如来因为彰显了本来清净的菩提自性，所以号为“琉璃光如来”，彻底明心见性，圆满开悟了。佛陀的三身四智，五眼六通，我们透过“琉璃光”的修法，透过药师定修法的四个阶段就可以知道，他成就的次第是这样子的。这个是从佛陀的自证境界来解释“琉璃光”。
第二个方面依众生的心境来说
一切众生皆有佛性，就算是在六道轮回的生死苦海之中流转，相上是迷失的，但是本性、佛性是在圣不增、在凡不减的，是不增不减、不生不灭、不垢不净的，不一不异的，所以一切众生都有一种向上的、向光明的追求。
佛陀随顺众生的心境，以明净的青天和日月来彰显如来证悟的果德。现实的生活之中，人人都有追求光明的意愿，人生要有光明的人生，世界要有光明的世界，社会要有光明的社会。我们中国古人有个成语叫做“光天化日”，也就形容光明的社会，可见中国人一向重视太阳，重视温暖、热力和希望。
印度由于地处在热带地方，很热，所以他们对于宁静、清凉的月亮特别欣赏。在这样子的氛围之中，释迦牟尼佛示现诞生，也是在菩提树下启发本具的佛性而圆成佛道。所以India其实就是印度，还有一重是月亮的意思，印度国名本来也就有月亮的意思。
所以“日光遍照”是形容大智慧的光明，“月光遍照”是形容大慈悲的普济。有大智慧的光明就能够帮助众生照破烦恼，通达世出世间的诸法真实相；有月光遍照的大慈悲，就能够应病与药，治疗众生的身病、心病，让众生身心健康、灵性健康。（文：大愿法师）