本心第八识虽然无形无色，然能摄持物质，譬如磁铁所生之引力，无形无色，却能吸引铁块。阿赖耶识具有一种功能大种性自性，法尔如是能团聚四大极微成器世间及众生之色身。心能造物的原理，如《楞伽经》（四卷本）卷二，佛言：
大慧！彼四大种、云何生造色？谓津润妄想大种，生内外水界；堪能炎盛妄想大种，生内外火界；飘动妄想大种，生内外风界；断截色妄想大种，生内外地界；色及虚空俱，计著邪谛，五阴集聚四大造色生。
所谓内界是指众生的色身，外界是指供众生所生活的器世间。
第八识阿赖耶识住于受精卵中，执持受精卵成长为胎儿。由藏识中含藏断截色妄想大种，藏识能将母体血液中的营养物质（四大种）变生为胎儿自身的筋骨肉等内地界；由胎儿的藏识中含藏津润妄想大种，藏识能藉母体所提供的营养，变生出胎儿的体液等内水界；由胎儿的藏识中含藏堪能炎盛妄想大种，藏识能变生出胎儿的内火界，以保持体温；由藏识中含藏飘动妄想大种，藏识能变生出胎儿的内风界，令五脏六腑运行。等胎儿渐渐长大，眼、耳、鼻、舌成就，六根具足，根尘相触，藏识就会生出六识的见闻觉知心，来了知外境。因此，有情的色身不论天人之高大色身，还是病毒之微小色身，以及他们的见闻觉知心，都是有情的藏识藉缘所生。
内界（色身）如是由藏识所造，众生所居之外界（器世间）亦复如是由藏识所造。以共业众生之藏识中有断截色妄想大种，故于虚空中团聚微尘以形成星球、大地、山石等；以共业众生藏识中有津润妄想大种，故山河大地有种种水生，滋润草木；由共业众生藏识中有堪能炎盛妄想大种，故有种种可燃物；由共业众生藏识中有飘动妄想大种，故有气流流动，器世间由此形成。当坏劫来临，器世间碎如微尘，散于虚空。等到成劫之时，造有共业众生之藏识又会将微尘再次团聚为新的器世间。如此世界成了又坏，坏了又成，周而复始，皆是藏识之作用。
藏识具有能造有情色身与器世间的功能，故《成唯识论》卷二云：
阿赖耶识因缘力故，自体生时，内变为种及有根身，外变为器。即以所变为自所缘，行相仗之而得起故。
无形物（藏识）能变造有形物（三界器世间及有情色身），譬如电脑的硬盘（藏识）能储存无形无色的数据（万法的种子），数据经过处理转换，显示器上就有山河大地、人畜草木等图像（器世间及有情色身）。藏识造物的原理与此类似，然此理迥异于人们的认知习惯，极难理解与接受。
有人会问：地球是共业众生的藏识所造，那么地球的哪一部分才是自己的藏识所造？器世间的形成是由共业众生之藏识共同作用的结果，很难确认哪一部分才是自己的藏识所造。对此《成唯识论》卷二有一个形象的比喻，譬如无数盏明灯同时照耀一个房间，很难说房间的某一处一定是由哪一盏灯照亮的。
又有人问：既然众生和器世间都是藏识所造，为什么藏识所造的色身以及器世间有优有劣？这是因为藏识在造众生和器世间时，所依据的是藏识中所集藏的善恶业的业种。当藏识中所集藏的善业种子势力大的时候，所造的色身和器世间就殊胜，反之则丑陋。是故共业众生所造的善恶业，会影响器世间的现况。《佛说业报差别经》言：若有众生，于十不善业多修习故，感诸外物，悉不具足：一者，以杀业故，令诸外报，大地碱卤，药草无力；二者，以盗业故，感外霜、雹、螽、蝗虫等，令世饥馑；三者，邪淫业故，感恶风雨，及诸尘埃；四者，妄语业故，感生外物，皆悉臭秽；五者，两舌业故，感外大地，高下不平，峻崖险谷，株杌槎菜；六者，恶口业故，感生外报，瓦石沙砾，粗涩恶物，不可触近；七者，绮语业故，感生外报，令草木稠林，枝条棘刺；八者，以贪业故，感生外报，令诸苗稼，子实微细；九者，以瞋业故，感生外报，令诸树木，果实苦涩；十者，以邪见业故，感生外报，苗稼不实，收获鲜少。以是十业，得外恶报。反过来，如果大家都能去恶修善，那么整个世界将会变得风调雨顺，景色宜人，此即是心净则国土净的道理。我国古代阴阳家提出天人合一、人天感应的主张，有一定的道理，但是他们无法了知这些现象背后的原理。如果藏识可以脱离内部的业种而随心所欲地造物，那么所造之物要么十全十美，要么杂乱无章，毫无规律可言。
关于地球生命的起源（佛教并不认为生命是有起源的，），当今科学界占主导地位的是进化论的观点。进化论认为：原始地球上的氢气、氨气、甲烷和水蒸气等在闪电的作用下发生化学反应，产生氨基酸、核苷酸等有机小分子物质；有机小分子物质再经聚合形成蛋白质、核酸等大分子物质；大分子物质又组成多分子体系，逐渐演化为单细胞生物；单细胞生物进化为无脊椎动物，再进化到脊椎动物，经由鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类，直到由古猿进化到人类。其实进化论只是一种假说，其理论与事实出入太大，论证模棱两可，结论也无法重复，到二十世纪后半叶，随着细胞研究成果的突飞猛进，进化论越来越受到科学界的质疑。
单细胞生物是人类所知的最简单、最微小的生命形态，如细菌。一小滴培养液可以培养数亿细菌。起初，人们以为细胞只是一小团浆糊状的物质，并不复杂。随着科技的进步，科学家发现细胞的复杂程度是进化论的创始人达尔文所无法想象的。譬如将细菌的鞭毛（细菌的运动器官）放大到５万倍时，就看到细菌的鞭毛是由各种精密的部件推进器、钩状区、传动轴等组合而成的驱动系统。尽管鞭毛的分子驱动机以高速度旋转，但是能立即制动并做反方向转动。细菌的鞭毛是由40多种蛋白分子组成的精密仪器，去掉其中的任何一个部件，整个系统就会失去功能。如此复杂的系统只能是被设计出来的，而非蛋白质自动聚合而成。
如果细菌的鞭毛是进化来的，那么在进化出完整的鞭毛之前，半成品的鞭毛就是毫无用处的累赘。按进化论的观点，物种在进化过程中，随机的遗传与变异，只有在有利于有机体生存时，自然选择才可以成功；因此，这个毫无用处的半成品鞭毛，在进化时就不会被自然选择所保留并遗传给下一代。是以达尔文本人亦发觉进化论的缺陷，他说：确有某种复杂的器官是不可能经由无数渐进且微小的变异而形成，那我的理论就会彻底崩溃。
即使是最简单的细胞也是由数千种不同类型的蛋白分子构成的，蛋白质分子不可能自行随意拼装成复杂的生命体。单细胞生物尚且如此，何况是复杂的人体。如果蛋白质可以自行组成如此复杂的人体系统，那么将各种金属混在一起，只要时间足够长，这些金属就可以自动进化成为一台计算机了。
由于进化论解释不了第一个细胞产生的原因，也解释不了地球生物突然出现的多样性与复杂性。故1993年加州大学柏克利分校的詹腓力教授邀请了一批科学家、哲学家共同探讨生命起源的问题。他们认为，生命与非生命物质之间有不可逾越的鸿沟，生命并非起源于一次偶然的化学变化，生命是被某种有智慧的东西设计创造出来的，并因此提出了智慧设计论。这次聚会被做成视频《智慧设计论揭开生命的奥秘》，内容很震撼人心。与会的生物学家尼尔逊说：当我看到这些分子机器以及细胞分裂这个难以置信的复杂过程，我想问的是：在这些事物后面是否有一种智慧？这些结构是否有计划、有目的？科学应当寻求世界的真相。我们不该有偏见，不能说因为我们不喜欢这种解释（智慧设计论），就把它弃置一旁。
佛教实证：每一个有灵性的生命，大到鲸鱼，小到细菌，的确是被一个拥有智慧的东西严格地按照内在的逻辑制造出来的，这个东西就是它们各自的第八识阿赖耶识，而非其他。西方的生物学家经观察推导出生命不可能是由化学变化合成的，而是由独立于物质和能量的第三种实体信息体以智慧设计出来的。譬如西方科学家斯蒂芬梅尔说：
在十九世纪，科学家相信只有两种实体物质和能量，但是当我们进入21世纪的时候，科学界普遍认同还有第三种实体的存在，那就是信息。因此，当我们面临生物信息的时代，一种猜疑正在兴起，也就是我们在DNA分子中所看到的，实际上它是一种思想意志、一种智慧的产物，它也只能用智慧设计论来作解释。
其实，斯蒂芬梅尔所谓的独立于物质和能量的第三种实体信息体，就是佛教所说的集藏一切信息的第八识阿赖耶识。由于科学家没有关于第八识的知见，第八识也无法用科学仪器检测到（只能以悟的方式一念相应到），故斯蒂芬梅尔等科学家不知道，更无法找到第八识这个信息体。是以他们虽然放弃了进化论，难免会落入臆想，或者重新投入上帝创造万物的神创论的怀抱中。
生命不可能是上帝创造出来的，若承认神创论，则会衍生出无量的过失。譬如：生命若是由上帝创造的，那么上帝无慈无悲，让所造的众生受诸苦难；若上帝是纯善无恶的，善只能生善，又怎么会造出邪恶；若众生是上帝所造，则众生都附属于上帝所有，那么众生所造的恶业，也归于上帝，应当由上帝受诸恶果是以万物决定不是上帝创造出来的。一神教的信众因为不明三界唯心造的道理，无法参透生命的奥秘，故将自心藏识所具有的功能作用，推给了上帝。
或谓当今的克隆现象是以科学的手段创造生命，其实并非如此。克隆动物的生长仍然不能离开阿赖耶识的作用。当科学家以人工手段合成动物胚胎时，若合成的动物胚胎符合藏识入住的条件时，便会有有缘众生的中阴身带着它的第八识阿赖耶识入住其中（中阴身，详见第二章、第五节之轮回的过程及原理部分），复于中阴身消失以后，由藏识执持此胚胎生长，否则胚胎即会坏死。人工授精，乃至蚯蚓断为两截，首尾皆能成活，原理与此相同。克隆过程不可离开藏识的作用，譬如克隆羊多莉诞生之过程，科学家先提取母羊的卵细胞，并除去卵细胞的细胞核，再提取另外一只羊的体细胞的细胞核，移进已除去细胞核的卵细胞中，待这个合成的细胞在试管中发育成胚胎后，将其植入母羊的子宫，几个月后，母羊分娩所产下的小羊，就是克隆羊多莉。在克隆羊的过程中，科学家所要做的只是通过手术，合成一个新细胞，并提供新细胞生长所需要的环境，接下来细胞的生长，都由住入此合成细胞中的第八识来完成，科学家根本无能为力。科学家无法发现细胞生长背后有第八识阿赖耶识在起作用，还以为细胞能够自行生长，自我复制，甚或以为生命是由他们制造出来的。
三界唯心、万法唯识是佛教的根本理论，有人据此指责佛教是唯心主义，这里先辨析作为哲学两大阵营唯物论与唯心论的偏颇之处，再来区别三界唯心与唯心主义之不同。
哲学有一个基本的问题，就是物质与意识（精神）谁是第一性的问题，也就是先有物质还是先有意识（精神）的问题，并据此划分唯物主义、唯心主义。唯物论主张先有物质后有意识、意识是物质的产物。唯心论主张先有意识（精神）后有物质、物质是意识（精神）的产物。
唯物论者观察到只有人体保持正常的生理活动，才有意识现象的存在，若身体失常，譬如大脑被麻醉了，或者人死了，意识就不存在了，于是据此得出了物质决定意识的结论。譬如我国南北朝时期的范缜就认为，精神如同刀的锋利，如果离开了刀（人体），就不会再有锋利（精神）的存在。唯物论的观点比较实在，很容易为人所理解、观察、接受。
唯心论者观察到物质是没有灵性的，而人是有灵性的，故人并非纯粹是物质的。譬如观察到人身（包括大脑）不过是血肉之躯，单纯的血与肉无论如何组织，都不可能产生灵性、思想。人体犹如电脑的硬件（肉体、大脑），离开了软件（心），就是一堆无用的废铁。于是唯心论者就推断：既然肉体（包括大脑）没有灵性，就没有精神与意志，那么精神（意识）必然是原本就存在的，物质只能是精神（意识）的产物，故精神（意识）是世界的本原。譬如古希腊哲学家柏拉图认为，世界是由理念世界与现象（现实）世界组成的，理念世界是真实的存在，现实世界只是理念世界的影子。中世纪经院哲学认为灵魂是精神实体，可以脱离肉体而存在。被誉为现代哲学之父的法国哲学家笛卡尔提出了意识与物质相互独立的二元论，英国经验论的代表人物巴克莱主张意识是世界的本原。唯心论的观点比较抽象，难以理解与观察。
唯物论与唯心论所作的观察与推论都有一定的道理，但也各有偏颇之处。
唯物论认为事物都是由各种因素在一定条件下组成的，都处于运动中，也都会坏灭，这类似佛教的缘起论。因为无明，唯物论者观察不到不生灭的心（第八识）在作用，只能观察到有生灭的心（识蕴的六识）的存在。识蕴的六识心，须以六根、六尘相触为缘，由藏识流注六识种子，六识心才能现起；若身体毁坏，无根、尘相触，藏识便不流注六识种子，即无六识现象。由于唯物论者只能观察有生灭的心的一些生灭现象如当人的大脑被麻醉后，就没有意识的存在了，于是就得出了一切唯物的结论，这是相当片面的。并且唯物论面对一些先天因素秉性、天赋的时候，也无法作出合理的解释。譬如俗语说龙生龙凤生凤，老鼠天生会打洞，为什么不用学习，老鼠天生就会挖洞？孩子生下来就会啼哭、吃奶？唯物论认为是基因携带了遗传信息所致。然遗传基因是由脱氧核糖核酸(DNA)在染色体上作特定的线状排列所决定的，DNA仅仅是一种物质（大分子聚合物），如何会具有逻辑思维性，无需其他原因就能自行排列成携带遗传信息的基因？DNA经过特定的排列组合，如何就会让人（动物）具有灵性？若一切先天因素都是遗传基因发生作用的结果，那么一母所生的双胞胎，基因大致相同，后天生活环境也相同，为何有的个性、智商会相差很大？可知，先天因素绝非是由物质（基因）决定的，先天因素，以及DNA的排列顺序必然是由能储存信息且能作用于物质的心（藏识）所决定的，唯有心才有智慧，才有逻辑思维性。此心（藏识）必然在胎儿阶段就能作用于受精卵，使得受精卵能按照心的意愿去生长，若离开心的作用，受精卵仅仅是一团肉（物质），没有知觉，没有灵性，绝无法自行长成人类的模样。再者，若人身仅仅是物质的积聚，那么只要持续地增加营养，身体就应该能不停地长高长大，事实显然不是这样的。是以遗传现象的背后，必然是具有灵性的心（藏识）在控制着这一切，唯物论无法发现此心（藏识）的存在，所看到只是表面现象而已。唯物论者认为人死如灯灭，不信轮回，不信因果报应，这种人生理念若不加以正确引导，有演化成极端利己主义的可能。今人大多信仰唯物论，过于迷信科学。科学乃三界有为法，只能研究物质世界的一些现象，无法切入心灵层面，是以许多科学家如居里夫人、爱迪生、牛顿等仍有宗教信仰，且不论他们所信仰的宗教正确与否。科学发展于造福人类的同时，应朝向揭示真理以提升人类道德品质方面努力，依靠人类自身的善行所得的福报来改善现状，若将科技用于竞争劫夺，必将导致人类的自我毁灭。
唯心论者观察到物质（肉体）没有灵性，没有思想，认为精神（心）可以独立存在，观察的方向虽然正确，但是因为无明，他们和唯物论者一样，也不知道自心藏识的存在，故其所认为的精神理念世界、灵魂、意识等，有的是臆想，有的是因缘所生法，都不能独自存在，更无法决定物质。
因此，无论唯心论，还是唯物论在解释物质与精神的关系时，都落于偏颇，唯有佛教所说的三界唯心，才能正确全面地揭示出物质与精神的本质。
虽然从哲学的角度来划分，可以将佛教所说的三界唯心划归唯心一元论（一元论是指主张世界的本原只有一个的哲学学说），但是佛教的三界唯心所说的心，并非唯心主义所说的理念世界、灵魂、意识、精神等，而是唯心主义所不知的本心第八识阿赖耶识（异熟识）。此心若经参禅开悟即可实证、体验，而非学术上的假想与推理。故佛法所说之三界唯心迥异于唯心主义的观点。
还有学人不明白佛说之心能造物的原理，遂将佛说之能生万法之藏识与一神教所说之第一因的造物主（上帝、梵）等同起来，其实二者的本质是完全不同的。譬如，佛教实证在无始劫以来，轮回之众生以及其所生活的宇宙器世间就存在，并非先有藏识，之后藏识再造出有情及器世间；一神教则认为先有造物主，而后造物主创造了一切。藏识与所造之众生非一非异，和合运作，藏识也能被其所造之众生的身口意行所熏；而造物主则是完全凌驾于所造物之上的。器世间是共业有情各自的藏识共同造就的，一神教则认为器世间是造物主一人所造的。藏识是无我性的，没有好恶，随缘应物而不作主，藏识所造器世间及有情色身之优劣所依据的是藏识内业种的染净程度；上帝是有我性的，上帝造物不是依据个人喜好，就是随心所欲故不能把三界唯心等同于外道的第一因论。