“六根清净”这个名词，在一般不知佛法的人看来，是非常浮浅的，甚至非常好笑的。他们以为凡是出了家的僧尼，一定就是六根清净的人，如果稍微沾染了一点男女钱财的习气，一些专门喜欢扬恶隐善的新闻记者便会在报纸上大做他们“六根不净”的渲染文章!至于什么叫做六根，甚么又叫做六根清净?他们是不想知道的。其实，“六根清净”四个字中大有道理。
六根，是指生理学的全部范围。佛教看宇宙人生，既不是唯物论者，也不是唯心论者，更不是唯神论者，乃是主张因缘和合的缘生论者。所以，佛教看一个人的构成，是从心理、生理、物理的三方面来分析的。上面所说的六根是属于生理学，加上六尘的物理学及六识的心理学，便是一个人的总和，六根、六尘、六识的形成称为十八界，十八界的三大类构成鼎足之势，相互为用，缺了一类，其他的二类也就不能存在。因为六尘与六识要靠六根的媒介才有作用，六尘与六根要靠六识的判别才有价值，六根与六识要有六尘的反映才有功效。如果要下一个比喻，那么，六根是镜子，六尘是被镜子所照的影像，六识是判别镜中所照影像的人。
什么是六根、六尘和六识呢?说起来很简单，那就是：眼、耳、鼻、舌、身、意，从心理与物理的媒介功能上说，称为六根，也就是生理学上的神经官能。眼有视神经，耳有听神经，鼻有嗅神经，舌有味神经，身有感触神经，意有脑神经，这些都是心与物的媒介的根本，所以称为六根。
从六根所接触的物件上说，称为六尘，也就是物理学上的各类物质。眼根所见的颜色和形色，耳根所听的声音，鼻根所嗅的香臭，舌根所尝的味道，身根所触的粗细冷热与湿滑等，意根思想的称为“法”──指极微极远的无从捉摸的东西，这些就被称为六尘。
从六根接触六尘而产生的判别力与记忆力上说，称为六识。如果没有六识而仅有六根与六尘，那就不是活人而是死尸，所以六识是六根的操纵者，六根是六识用来接触六尘的工具。
那么，为什么要称为“六根清净”呢?因为六根是六识的工具，作善作恶固然是出于六识的主张，造成善恶行为的事实却是在于六根的作用。人之流转于生死轮回的苦海之中，就是由于六根不曾清净，自从无始以来的一切罪业均由六根所造，比如眼根贪色、耳根贪声、鼻根贪香、舌根贪味、身根贪细滑、意根贪乐境;有贪，也必有嗔，贪与嗔是由无明──烦恼而来，合起来就是“贪、嗔、痴”的三毒交加，恶多善少，永无出离生死苦海的日子了。
修持解脱道的工夫，不外戒、定、慧的三学，但是慧的主要根源是戒与定，所以修持的入门工夫应从身心的两方面着手：一是修身，一是修心。把不好的念头修理掉，称为修心，修心的主要工夫是禅定;把不好的行为修理掉，称为修身，所以修身也可称为修行，修身的主要工夫是持戒。持戒的目的是在守护根门──守卫保护住六根的大门，不让坏事从六个根门之中溜进我们的心田，以致种下生死流转的祸苗。
因为，一个凡夫，除了进入禅定的境界而外，就不能没有妄想，妄想是促成六根造业的导火线，佛教的戒律就是妄想与六根之间的保险丝或灭火器，在戒律的防卫之下六根才能渐渐地清净，一旦到了六根清净的程度，超凡入圣的境界也就快要接近了。所以，一般的凡夫僧尼只能在戒律的保护下勉强守住了六根，至于清净二字那是谈不上的。一般人的观念，总以为僧尼们只要不犯淫行，不贪非分之财，不介入人我是非，便算是六根清净了;事实上，凡是贪逐于物境的受用，总是六根不净，不论是看的、听的、嗅的、吃的、穿的、玩的、用的，只要有了贪取不舍的情形，就是六根不净。因为除了男女及钱财等的问题都不容易觉察出来，净与不净，也就很少有人细心地注意它了。
根据中国天台宗的判断，六根清净位便是五十二个菩萨阶位最初十阶的十信位，要断见思二惑──相当唯识宗的分别烦恼与分别所知的二障，这应该是从普通(外)凡夫进入贤位(内)凡夫的阶段。又据《法华经》及《涅槃经》中说，能得六根清净，便可六根互用。所谓六根互用，那是说六根之中的任何一根均可兼备其他五根的功能，眼能见色，也能闻声、嗅香、尝味等，耳能闻声，也能见色、嗅香、尝味等，鼻根、舌根、身根、意根，也是一样。六根清净了，就能六根互用，这在一般的读者看来，难免会说这是神乎其神的神话。事实上，我们之所以不能六根互用，正因为自己把六根的官能限制住了，也就是说，我们利用六根而执取六尘，六尘充塞了六根，障碍了六眼，六根便成了六尘的奴才，也习惯地成了六尘的应声虫，色尘来了，眼根应付，声尘来了，耳根应付，香尘来了，鼻根应付，舌、身、意根也是一样。如果不是这样，如果六根不执六尘，六根不受六尘的支配与诱惑，那么六根就从六尘之中得到了解脱，解脱了的六根便是自由的六根，自由的六根自然可以彼此互用而不分界限了。这个自由的六根也就是清净的六根，因为自由的六根虽然仍与六尘打交道，但已不受六尘的引诱而造生死的染污之业，所以称为六根清净。
说得明白一些，所谓六根清净不是没有了六根，而是我们的生理官能不再随着外境的幻象而转，这就叫做一尘不染──但这绝不是等闲的工夫所能办到的事。六识发动六根而接触六尘，六尘映入六根而由六识判别及记忆保存，再从六识的记忆保存中显现出来，发动六根贪取六尘，就这样交互回还而造成生生死死之流，六根清净的目的便在断绝并超越这一生生死死的生命之流。