这一大科是佛陀回答阿难尊者的疑惑。阿难尊者的疑惑有两点：第一个就是在修学的处所当中，应该以什么来当作对治的处所才是最好的处所。第二个，在对治烦恼过程当中，它的次第是如何。
佛陀这一段主要是回答修学的处所。它主要的观念是说，使令我们生死轮回的就是六根，而使令我们安乐妙常的也是六根。说是起惑造业的是它，但是返妄归真的也是它。
那么这一点，蕅益大师在注解当中有提出他的看法。他说本经的修学，就在我们的身心世界，所谓六根、六尘、六识当中，选择六根当所观境。它的理由是什么呢？
因为六根基本上有强大的主导性：第一个，六根对外攀缘六尘。它也可以攀缘，也可以不攀缘，它有主导性。第二个，六根向内能够启动六识。它也可以启动，也可以不启动。所以，这个六根身为六尘、六识的中间，是一个最好修行的处所。
我讲实在话，我们修行的功夫，好坏是一回事；你修行的处所选错了，那你真的是日劫相倍。比方说，你同样的功夫念佛持咒，但是如果你的处所选在六识我们一般学唯识学，烦恼都是到了识的时候才对治，其实都太慢了，所以你就是事倍功半。你看那个烦恼火，我们可以试试看。你那个火刚开始烧的时候，你马上扑灭，很容易扑灭，一小杯的水就把它扑灭了；这个火已经烧了好几棵树了，你就更难扑灭；要是烧得整个森林大火，你没办法扑灭的。
所以这个对治烦恼，为什么要选择圆通的本根？就是掌握先机嘛。到了六识再来对治烦恼，这个不是圆顿止观，这叫做渐次止观，时间慢、花的时间多、效果差。但是如果你能够根据本经的方法，舍识用根，在六根的时候就守住了，你经常注意六根见、闻、嗅、尝、觉、知，那么这个时候你的成佛速度会比别人快很多很多。同样的用功，但是你的进步会比别人快很多。这个就是处所的选择是很重要的。
到这个地方，佛陀已经把整个修学的处所定下来，也就是以六根当所观境，整个圆顿止观的所观境。当然后面会讲详细，其实六根还很广，你还要选择。比方说耳根、意根，六根当中还要选择。