1、药师法界定印：药师法界定印就是法界定印，与释迦牟尼佛、阿弥陀佛法界定印一样，是一个印，此定印属于体印。右手四指置左手四指上，表佛的四大加持众生的四大，两手拇指相抵，均归入空性――法界。如来定印是体，定印是不能动的，不要在结定印时手晃动。
以左膝托左手，掌心向上，右手同左手一般，重叠于左手之上，两拇指指端相拄。或有说定印上观药壶，药壶中纳十二大愿之妙药，来度脱众生。
药师如来手印（定印）
2、药师如来用印：药师如来的用印也是药师如来的根本印,也称药师印。什么时候用，我们感觉身体有病或不舒服的时候。用印是用，是可以动的。
药师如来手印（用印）
南怀瑾：药师如来的手印，配合念药师如来名号或咒语，否则念起来不灵。以左右手(除大母指外的四指共)八指,右(手在左手指内侧)上押左相叉，入掌令合握拳，以二大指并平伸，押右头指侧中节上，勿使头屈。
药师如来手印
吴信如: 内缚的左四指是众生的四大，右四指乃佛界的四大，一切病障源自四大不调，故以佛界的四大当作众生界的四大来调和之，以两拇指来回的弯曲交叉，把众生业、界四大的三病召入药壶中，成为理、智、教的三药；又内缚表月轮，二拇指为去二我，以此召请人法二空之义，此乃药师如来的根本印，又名为药师印。
3、药师佛的定印：药师佛的定印是修药师定的时候，药师的定印，属于体印，是药师佛的别印。两个大拇指相交，然后再合起来，这个比较容易的，地水火风相交，风跟空成这样折起来，像个三角形一样，看，这两个拇指是直的，不要弯的。
这三个印分清楚，1是法界定印，2是药师的根本印（用印），3是药师的定印、药师佛入定的印。
用要本印念药师咒(药师灌顶真言)。药师咒：
南谟薄伽伐帝 鞞杀社窭噜 薜琉璃钵喇婆 曷啰阇也 呾他揭多也 阿啰喝帝 三藐三勃陀也 呾侄他 唵 鞞杀逝鞞杀逝 鞞杀社 三没揭帝 莎诃
还有一个药师如来的一个根本咒，这个咒在药师经是没有的，但在经法的口头传授上有。这个咒语是这样念：“唵 战驮祇里 莎诃”。我们在静坐修药师定的时候，或者做其他禅定，能够帮助我们入定的，就是念诵：“唵 战驮祇里 莎诃”。这是我们结药师佛的根本印和药师佛定印时持的咒语。
手印不能随便结，一定要尊重，手一定要干净，因为一般要入了坛，经过灌顶才能结印。
南怀瑾：经典上有药师如来的咒语，念‘南无消灾延寿药师佛’或‘南无药师琉璃光如来’都可以，可是一定要结这个手印。诚诚恳恳地去祈求、去念。放掉手印要从头顶上散开。
药师如来手印
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十二药叉大将修法及手印
诵持：南无某大将名号，如南无宫毘罗大将，南无迷企罗大将，就是归命敬礼某药叉大将。
咒语1：唵某大将名号，如：唵 官毗罗大将、唵 迷企罗大将，就是咒语。
十二大将跟我们关系很大。十二大将的根本印是不动的，十二大将还有用印，是共同的印，哪个大将当值就念哪个大将的名号。（印见下）
咒语2：药师佛有十二大愿，真正护法的十二大金刚菩萨，现身为十二夜叉，他的名字就是咒语，千万注意，要记住，十二夜叉的名字就是咒语：
官毗罗大将、伐折罗大将、迷企罗大将、
安底罗大将、頞你罗大将、珊底罗大将、
因达罗大将、波夷罗大将、摩虎罗大将、
真达罗大将、招杜罗大将、毗羯罗大将、
金刚菩萨摩诃萨
念十二神将大名，一百零八遍，或多念更好。至心诚意，最后不念时，手印从顶上散开
注：在药师法门里，大咒、中咒、小咒是指…
大咒又称大解结咒，（十二药叉大将名就是大解结咒）。
中咒是药师灌顶真言。
小咒是咒心：鞞杀逝、鞞杀逝、鞞杀社、三没揭帝、娑哈。
药师如来灌顶真言
诵时.观想心月轮上.有一金色梵文排字.放光普照一切众生.病苦皆除.受安稳乐。
药师如来种子字.为梵文排字。
拔.读拔哈。排.白挨切。晒.世挨切。骨.搿污切。戛及啊切。挨.浙音同啊衣。也.亦诶切。
药师佛号.一闻于耳.身心安乐.众病悉除。欲生西方极乐世界.八大菩萨示其道路。持名诵咒功德殊胜。书云.药师咒能消除病难.延命咒能守护寿命长久。行者非无病及寿命长.则悉地现前不易。故宜兼诵。
拿摩.皈命拔噶乏得。世尊排晒及牙药骨鲁.师排覩里牙.琉璃钵喇拔.光喇戛牙。王打他噶打牙.如来尔哈得.应供三弥牙 割三菩达牙。正等正觉.打笛牙他。所谓嗡。三身.皈命。排晒及也。药排晒及也。药.排晒及牙。药三母尔噶得。自度度他。司乏哈。圆满.成就。 仪轨云.若持此咒.能拔一切生死重罪。免离九横.超越众苦。十方世界.随处安乐自在。
药师经云.若见男子女子有病苦者.应当一心为彼病人清净澡漱。或食或药.或无虫水.咒一百八遍.与彼服食.所有病苦.悉皆消灭。若有所求.至心念诵.皆得如意.无病延年。命终之后.生彼世界.得不退转.乃至菩提。
以左手开置脐下.以右手重上.二大指相合。
口诀曰:掌上有钵.钵中有十二大愿。妙药除像法转时诸有情众病。