药师如来悲心救苦，以十二大愿利乐一切有情，娑婆众生有幸得闻药师圣号，对药师法门生起净信，是相当难能可贵的，《药师经》云：「阿难！此是诸佛甚深所行，难可信解；汝今能受，当知皆是如来威力。阿难！一切声闻、独觉，及未登地诸菩萨等，皆悉不能如实信解；唯除一生所系菩萨。阿难！人身难得；于三宝中，信敬尊重，亦难可得；得闻世尊药师琉璃光如来名号，复难于是。」
生死轮回中，人身难得有如盲龟遇浮木。据《杂阿含经》所载，茫茫大海中有一块浮木，浮木中央有一个孔洞，海里有一只盲龟，每一百年才探头浮上海面一次，当盲龟游向大海东边，浮木或许随着海浪漂流至西边，百年之后，盲龟也许已游到海的西边，浮木却可能被浪潮冲向东边…，如此百年辗转，试想这只盲龟一探头便巧遇浮木，且能将头伸出木孔的机率有多大呢？因此佛告阿难：「盲龟浮木，虽复差违，或复相得。愚痴凡夫漂流五趣，暂复人身，甚难于彼。」幸得人身已属不易，而人身难得，倘能值遇三宝，信敬尊重，亦难能可贵，若又能得闻药师琉璃光如来名号，诚甚难稀有，由此可见药师如来的无边功德及其法门的殊胜！东方琉璃光净土，除药师如来，还有无量无数的菩萨辅助教化，其中有二菩萨摩诃萨，为诸菩萨众之上首，即「日光遍照菩萨」与「月光遍照菩萨」，与药师如来合称为「药师三尊」。
日光遍照菩萨，汉译又作日曜菩萨，日光菩萨，为药师如来之左胁侍。月光遍照菩萨，汉译又作月净菩萨，月光菩萨，为药师如来之右胁侍。东晋帛尸梨密多罗所译的《佛说灌顶经》卷十二云：「有二菩萨一名日曜二名月净，是二菩萨次补佛处……唯愿演说药师琉璃光如来无量功德，饶益众生令得佛道。」或许有人会问，东方净琉璃世界，佛土及众生皆身如琉璃，又何需日月之光？依太虚大师的解释，琉璃固然晶莹明洁，若增加日月光，则更显清明。日月之名，乃显二菩萨为彼众中之上首，位居等觉，次补佛处，有如众星中之日月。
此二菩萨与观世音菩萨的大悲心陀罗尼也有密切关系，《日光菩萨月光菩萨陀罗尼》载，凡持诵大悲心陀罗尼者，若能再持日光菩萨陀罗尼，除能灭一切罪，尚可辟除魔障及天灾。此外，病痛之人，如能持诵月光菩萨陀罗尼五遍，取五色线作咒索，系于痛处，亦可除却一切障难及恶病。
《药师经》自东晋以来，流传的汉译版本共有五种，其中以唐朝玄奘大师的译本最为通行。继玄奘大师之后，义净法师(武则天时期)效法前贤游历印度，重译《药师经》。与奘译本不同的是，义净法师的译本—《药师琉璃光七佛本愿功德经》中，除药师佛圣号及本事外，尚有六佛佛名是奘译本所未提及的，此六佛即：东方光胜世界善名称吉祥王如来、东方妙宝世界宝月智严光音自在王如来、东方圆满香积世界金色宝光妙行成就如来、东方无忧世界无忧最胜吉祥如来、东方法幢世界法海雷音如来、东方善住宝海世界法海胜慧游戏神通如来，其与东方净琉璃世界药师琉璃光如来合称「药师七佛」。
当年释迦佛讲说此经时，由于参与药师法会的十二药叉大将深受感动，与其眷属同时发愿护持。经云：尔时，众中有十二药叉大将，俱在会坐，所谓：宫毗罗大将，伐折罗大将，迷企罗大将，安底罗大将，頞你罗大将，珊底罗大将，因达罗大将，波夷罗大将，摩虎罗大将，真达罗大将，招杜罗大将，毗羯罗大将。此十二药叉大将，一一各有七千药叉以为眷属，同时举声白佛言：「世尊！我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率，皆得一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利饶益安乐。随于何等村城，国邑，空闲林中，若有流布此经，或复受持药师琉璃光如来名号恭敬供养者，我等眷属卫护是人，皆使解脱一切苦难，诸有愿求皆令满足。或有疾厄求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕，结我名字，得如愿已，然后解结。」
关于此段经文及「药叉」一词，依据演培法师所讲述的《药师经讲记》，其解说如下：药叉，有的译为夜叉。太虚大师的讲记中说：『常人闻夜叉之名，即同罗剎等起凶恶惊怪之想，实则不然，盖药叉非如罗剎等之专害人者。佛教说八部众，药叉位列第三；四天王八部神将，药叉居首。故无论在佛教，在护世四天王，药叉皆居次要与主要地位，护持佛法，誓愿弘深，故药叉实异常人之观念』。
不过，在印顺大师的讲记中说：『药叉的性情不一，有的穷凶极恶，有的善良和顺；如护持佛法的，即是温纯而善良的药叉。在佛教的护法神中，他占有很重要的位置，像四大天王中，手执宝剑的那位毗沙门天王，便是药叉群里的首领』。
太虚大师的讲记中又说：『复次，药叉即金刚力士，有天行药叉，空行药叉，地行药叉；其义翻为勇健，正是显示其勇敢而强有力者，不被一切摧伏而能摧伏一切，故诸佛菩萨往往现此金刚力士药叉身。又翻疾捷，显三种药叉，威德自在，人间天上，往来迅速，其疾如风。复次，一行禅师在大日成佛经疏中翻为秘密，其请佛说法之秘密主，即药叉主，以其勇健疾捷，一切身语意业神变莫测，故名秘密。又楞伽经在楞伽山为药叉王说，其威力极大，故大日经中称之为秘密主。复次，鸠摩罗什亦译贵人；言其为富贵人，自富贵复能使人富贵而居人之上。
古印度民间求神之易感应者，药叉居多，故其祀奉亦极普遍。又密部咒语，皆列上首鬼神名号，而其最有名最灵验者，亦推药叉。盖咒语有生善灭恶之功效，其义译为遮持，即遮一切恶，持一切善，故药叉能有求必应。
昔清辨菩萨着掌珍论，综龙树中观明一切空义，与护法菩萨一切唯识义互相抗衡。而二说各具坚固之理，互不摧折，乃发愿保其色身，留待慈氏证明，求观音大士，满其所愿，后得观音感应，持咒咒开岩石，有药叉神出现，引入其中，保留色身，以待慈氏，得满所愿。此亦由药叉神将之力，其所持咒，亦属药叉神咒。上来所说各节，皆所以显药叉神将，在佛法中所居地位之重要』。
印顺大师的讲记中又说：『药叉的性别也有男女，中国人以为母药叉丑陋而凶恶，故每以母夜叉形容泼辣的女人，其实男性药叉才真丑恶难看。女药叉则多半生得如花似玉，天女一般的美丽』。至于药叉的住处，『多住在天上，或深山穷谷，偏僻海岛，或游离虚空，行迹不定。我国道士，炼丹修道而得飞升，情形与他有些类似』。
总之，药叉只是神鬼，属于鬼趣所摄，可尊重不可多接近。当「尔」之「时」，就是救脱菩萨开示结束的时候，在法会大「众中，有十二」个「药叉大」，原来「俱在」法「会」，静「坐」在那儿听佛说法。讲到药叉，在毗沙门天王统摄下的就有很多，为什么现在只说十二药叉大将？
当知经中所说的十二大愿，与此有着深切的关系：药师如来在因地中，为了上求佛道，下化有情，特地发了十二大愿，本此大愿如实修菩提行，到了最后证得无上佛果时，所有本愿无不圆满，所以等流而为十二药叉大将，每一药叉为每一大愿的象征，因而不多不少的说为十二药叉大将。如以另一观点来看，不妨说十二药叉，等于药师如来的各个不同的化身，现此药叉身助佛推动*轮，使佛法得以化化不绝。
约迹而论，固是十二大将，约本而论，实是佛的等流身。印顺大师的讲记中说：『佛现佛相，是解脱相；现菩萨相，是慈悲相；现金刚、药叉相，表示威严勇猛，能降服一般刚强难调的众生，及能摧毁一切邪魔外道。
所以金刚、药叉的形像，总是竖眉怒目，显出凶猛可怕的样子』。佛陀示现各种身相，无非是为利益有情，只要怎样的身相，有益于某类群生，佛就示现怎样的身相，甚至示现其它的种种。如阿弥陀佛欲令法音不断的宣流，就示现各种鸟类，演唱五根、五力、七菩提分、八圣道分等。
现按十二大将的名次，略为解释如下：
一、「宫毗罗大将」，『义译为蛟龙，顶有金龙相。他住在王舍城的一个山上，与佛教有密切关系，可说是最有功绩的一位护法药叉。佛在世时，他以赤诚心，处处护法。有一天，释尊从灵鹫山麓经过，提婆达多暗中由山顶推下一块大石头，想击害释尊，为宫毗罗所见，连忙用金刚杵迎击，巨石便即粉碎，仅一小块落在佛趾上，微微破皮出血。由
此一例，可见他对佛法的忠诚』！
二、「伐折罗大将」，义译为金刚，就是手执金刚杵的一位护法神，如有破坏佛法的，他就飨以金刚杵。
三、「迷企罗大将」，义译为金带，从他腰间束有金带而得名的。
四、「安底罗大将」，义译为破空山，显示他有一股雄伟的力量，能将一座大山破碎为空。
五、「頞你罗大将」，义译为沉香，显示他的身上，有股沉香香味。
六、「珊底罗大将」，义译为螺发，显示他像螺女形，头上冠有华发，好象螺那样的。
七、「因达罗大将」，义译为能天主，亦有叫做地持。
八、「波夷罗大将」，义译为鲸，显示他的身形长大，好象鲸鱼那样。
九、「摩虎罗大将」，义译为蟒蛇，显示他现蟒蛇身而为护法。
十、「真达罗大将」，义译为一角，从他头上只有一角而得名的。
十一、「招杜罗大将」，义译为严帜，亦译为杀者。
十二、「毗羯罗大将」，义译为善艺，显示他对工艺，最为善巧第一，没有谁及得他。
此上所列的「十二」位「药叉大将」，是诸药叉的领导者，并不统摄「有七千药叉以为眷属」。为领导者的药叉大将，既来到法会听法，所有部众当亦随之来到法会听佛说法。领导者的十二药叉名字，本可不必加以怎样解释的，只要照着印度的原音呼召，就可与念神咒一样的，发生同等的效力。正因如此，所以下面结经名时，特别『亦名说十二神将饶益有情结愿神咒』。是以十二药叉神将名字，可以当作咒一样的持诵，不可对之忽视！
诸药叉众来闻佛法，不是点缀点缀庄严道场的，而是认真的听闻，并得到很大法益，所以「同时举声」禀「白佛言：世尊！我等今一天在此，承「蒙佛」陀的大「威」德「力」的加持，「得」以听「闻世尊药师琉璃光如来」的「名号」，因而从今以往，「不复更」再感「有恶趣」的「恐怖」！
药叉原是属于鬼趣所摄，鬼为三恶趣之一，身处恶趣之中，不管有着怎样大的福报及威力，但仍不免要受恶趣的痛苦，有苦就不能免除痛苦的恐怖，这是必然的道理。现因听到药师如来的圣号，得到佛力的慈悲加被，虽仍身在恶趣之中，但已不会再有痛苦的恐怖，因知自己已种下深厚的善根，确信这个生命结束后，不会再堕到恶趣里去，感于生命的前途一片光明，所以无复恐怖畏惧！
既然得到这样的胜利，皆是佛陀的慈悲恩赐，于是想到如何报佛深恩，而向佛陀诚挚表示说：「我等相率，皆同一心」，自今以后，「乃至尽形」寿，「归」依「佛法僧」三宝，做个忠实的三宝弟子，同时发广大的「誓」愿，要「当荷负一切有情」，「为」诸有情「作」种种的「义利」，使之得到「饶益安乐」。此中一心最为重要，显示没有第二念头。俗说：『二人同心，其利断金』。所以不论做什么事，最要紧的是一心，如果三心两意的，时而想要这样，时而想要那样，其心不能专一，必然难成大事！
至于义利两字，佛法有多种的解释：义是就利他说的，利是就自利说的；义是给与将来的安乐，利是给与现在的安乐；义是就出世的福乐说，利是就世间的福乐说；义就真谛第一义谛说，利就俗谛转烦恼菩提说。不管对之作怎样的解释，诸药叉将能以这样的义利安乐，饶益世间的一切有情，不能不说是极为难得的。
闻法得到佛法的好处，自发自动的归依三宝，并以大好的佛法利济有情，可说药叉们胜过号为万物之灵的人群，这话怎讲？如现实人群，有很多从闻法中，得到佛法的胜利，不但不会因此发菩提心，积极从事利济有情，甚至要他归依三宝，他都感到相当困难，好象归依没有意义，一个顶天立地的人，竟然不如鬼趣的药叉，能说这不是人的最大耻辱？岂不是人有意向鬼趣里钻，想与鬼类
看齐？
药叉对诸有情所作的义利安乐，在时间上既通于现世与未来，在空间上也就能够做到，不论在此界或他世界，「随于何等村」庄、「城」市、「国」都、县「邑」，乃至「空闲」的山「林中」，假「若有」人「流布」此药师「经」，「或复受持药师琉璃光如来名号」，以及「恭敬供养」药师如来，「我等」药叉大将及诸「眷属」，定尽自己力量所能做得到的，经常「卫护是人，使」令他们「解脱一切苦难」，不再受诸苦难的逼迫；至「诸有」情如有什么「愿求」，我们亦「悉」使「令」得到「满足」，决不会使他们的愿求落空！
「或」者如「有疾」病以及种种「厄」难，要「求」得以「度脱」的人，我们以为没有其它办法，「亦应」一心至诚恳切的「读诵此经」，并且要「以五色缕，结」成「我」们十二药叉大将的「名字」，要到病苦以及灾难解除，「得」到「如」自己的心「愿已，然后」始可「解」开结成的缕「结」。
这是祈求消除病难的另种特殊方便，如真照着这样去做，对病患灾难者是有相当受用的！印顺大师的讲记，对这有很好说明：『关于打结，向来有两种说法：一说用五色丝线织成十二个药叉大将的名字；一说称念一位药叉大将的名字，就用五色丝线打一个结，如次念十二名字，打十二个结。两者比较起来，后说简便而近情。
这打结办法，可说是一种互通信息的工具。在没有文字之前，古人都用打结记明事物；发生一件事情，打一个结，看结就晓得什么一回事。
药叉沿用此法，教众生遇灾难时，念他名字打一个结，他就知道前来护持。又如现代遇急难时，打一通电报或写一封快信给朋友，他便会赶来援救。所以念一大将名字打一个结，即是请其护持的表示。待病患痊愈，厄难消除，然后将结解开』。这一解说，不特非常明白，而且极为合理，毋庸再作他释。