一、准备：红、黄、蓝、白、黑棉线各7缕，线长49厘米。
二、念诵：
诵经：诵《药师琉璃光如来本愿功德经》1部。
念佛：念诵那摩药师琉璃光如来108遍。
十二药叉大将名号：7遍。
三、制五色缕
口中不停念诵十二药叉大将名号，同时，
取红、黄、蓝、白、黑棉线各1根合在一起，搓成一缕。
将搓好的7缕五彩线合在一起再搓，即成可以打结的五色缕。
四、打结
念诵宫毗罗大将108遍，然后在五色缕打一个结。
依次念诵下一位药叉大将名号108遍，诵后打结。
12结打完后，再念7遍十二药叉大将名号，将五色缕两头连起来打个活结。
五、祈愿
将打好结放回供桌前，合掌讲明此次修法要许的某某愿(一定要发愿，祈求是为大众的，为个人也是为大众的)，祈请十二药叉护持能圆满成功，此愿成功后怎么感恩三宝，如印经、放生、持斋戒、诵经持咒、布施供养，若满愿后，在佛前所许愿一定要还愿。
六、安放
将十二药叉许愿结放到红包或用纸包起来，再把所求之事写在纸上与药叉结放在一起，放在佛堂或别人摸不到的干净的地方。所求之事成功后，一定要打开药叉结。找个清净地方烧掉。打结、解结时，不让别人看到、知道。
注：
1、此十二药叉大将结名祈愿法，参考吴信如老和忠明法师传法资料整理。供论坛各位同修修法参考。
2、不建议结手印修持。一则为免盗法之罪；二则为免不如法之过患。经中所述对十二药叉大将最如法的召请，是诵念药师经复念药师如来名号。
3、念诵十二药叉大将及打结时，十二大将顺序不可错乱。