有几位明心的菩萨提到悟后转依如来藏空、无相、无愿的寂灭清净性后，会有无法发起菩萨慈悲的疑惑。末学惟恐部分有这种疑问的菩萨长时无法释怀，以致影响佛道修学，故不揣孤陋，谨以个人一点体会，提出来与大家共同探讨。
菩萨明心后既然找到如来藏而有所转依，理应转依如来藏心体的全部。所谓如来藏心体的全部，不是只有祂空、无相、无愿的寂灭清净性，更重要的是祂鉴机照用的无漏有为性。
参禅人常说：明心证空，见性证有，但如来藏的有性却不是只有佛性而已。以明心的人不待进一步眼见佛性，就能在明心后一方面看到如来藏于六尘不起分别的空寂清净性，另一方面更可看到祂无时无刻、无私无我地配合著七转识运作，乃至可观察祂无时无刻、无私无我地配合著器世间在运作的无漏有为性，也就是祂所出生无漏有为及配合七转识所产生有漏有为的种种法。所以经中说不住无为、不尽有为，这正是如来藏全面体性的写照──心体虽有著清净无为的体性，但却不会住在其中成为无有作用法的空无；祂还有著不尽不断种种无漏有为法的体性，只是这一切的有为法不是一定都在三界六尘世间。所以，从这里来看：菩萨明心后如果只转依如来藏的清净空寂体性，其实是有所偏的！或者说这样的明心菩萨是还有著三界六尘的执著──深层意识还执著于三界六尘的有，惟恐被三界六尘所转，而要转依如来藏的空性；这跟声闻阿罗汉的执著外境实有，恐再被外境所转而继续轮回生死，故急于入无余涅槃求解脱的心态，严格来说并没有太大的差别！
说到这里，可以进一步来谈谈菩萨发起慈悲的问题。玄奘菩萨在《成唯识论》卷第十中说：平等性智相应心品：谓此心品观一切法自他有情悉皆平等，大慈悲等恒共相应。
所谓菩萨从大悲中生，而真正的慈悲须缘于对众生平等的深刻体验。但如何说众生平等？唯有从众生各个本具，在圣不增、在凡不减的如来藏，才能说众生平等。如果只看一切众生的五阴，必有美丑、高矮、胖瘦乃至聪明愚痴，如何说其平等？假使要强词夺理而说：一切众生终归寂灭，没有一众生不寂灭，所以众生平等。那这种灰身泯智的平等，如何能让人生起慈悲心来？只是，一般菩萨虽然依明心发起的初品少分平等性智，能现见一切众生的根本平等所在，却要如何进一步转为三大阿僧只劫救度众生的大慈大悲？这应该就是读书会当天那几位明心菩萨提问的疑惑所在。
首先末学认为：那还是要回到前述如来藏的无漏有为性来观察。前面说如来藏无时无刻、无私无我地配合著七转识运作，乃至无时无刻、无私无我地配合著器世间在运作；我们不妨现前观察一下，这本身不就是最大的慈悲吗？因为祂恒是这样无时无刻、无私无我地在为众生做事，从某个层面来看，不正是无缘大慈，同体大悲吗？这个慈悲的心性〔注1〕也是明心的菩萨应该要同时转依的才对！否则将只是部分转依，并不圆满。
其次，还要靠明心发起的初品少分妙观察智，去观察众生之所以会有种种苦，就是因为不知不证本有涅槃解脱的生命实相──如来藏，却认生灭不实的五阴为常、为我，执著不舍，让各自如来藏含藏无数染污种子，终致世世现行不断，恒于三界流转生死，轮回不已，才会受种种苦。菩萨观察至此，因而兴大慈悲，为众生说第一义谛法，令得有因缘证悟实相，度脱生死轮回，真正拔除苦痛，得究竟安乐。这才是菩萨大慈悲的真正意义，也是真正慈悲发起之所由。菩萨也依此悲愿而留惑润生，世世受生，继续救度众生，继续佛菩提道的修学。当然菩萨断尽思惑后，到了七地念念入灭尽定，如来藏中连最后一分得以留惑润生的思惑种子都灭尽了，也应当会入无余涅槃的；所以要靠 佛加持的引发如来无量妙智三昧，才能入八地继续进修直到成佛，那则是另一个问题了。由是缘故，证悟如来藏以后，应该对如来藏的无漏无为性及无漏有为性，作全面的转依，自然不会偏空而忽略了祂鉴机照用、随缘应物的大功德，就不会偏在祂的虚空无为、真如无为而趣向灰身泯智的本来涅槃部分，就会发起大悲心而想要救护众生，想要接引众生同入佛菩提道。
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注：未成佛之前，以如来藏的无记性来说，当然不会生起慈悲，慈悲应该只与意识相应。此处但就如来藏无时无刻、无私无我的随缘性，来比量为慈悲。