《药师经》全称《药师琉璃光如来本愿功德经》，亦称《药师如来本愿功德经》、《药师本愿功德经》、《药师本愿经》等，是佛教净土宗的重要经典之一。药师如来法门依《药师经》建立，是深契时机、消灾免难，求获人天福报的无上法门。
历史上翻译成汉文的《药师经》共有5种，但其中南北朝慧简法师所译的《药师琉璃光经》早已失传，仅在古大藏经目录中载有篇名。因此，实际传下来的《药师经》汉译本只有4种，即：
1、东晋帛尸梨蜜多罗译的《佛说灌顶拔除罪过生死得度经》。此经没有单行本，附载《佛说灌顶大神咒经》中。该经《清藏》合订为六卷，本经即为其中最后一卷。
2、隋达摩笈多译的《佛说药师如来本愿经》。
3、唐玄奘法师译的《药师琉璃光如来本愿功德经》一卷。此即现今流通本所据的译本，但现今流通本与玄奘原译本略有不同，有增文两节。即依东晋译本补人八大菩萨名，又依唐义净法师译本补人药师真言(神咒)及前后文二十余行。
4、唐义净法师译的《药师琉璃光七佛如来本愿功德经》二卷。《药师经》的前三种译本大体一致，唯义净译本稍有不同，前者只提「药师净土」，义净译本则有「七佛净土」，且译有「药师琉璃光如来大陀罗尼(神咒)」。
有关《药师经》的注疏，有唐窥基撰的《药师经疏》一卷；靖迈撰的《药师经疏》一卷；神泰撰的《药师经疏》一卷；遁伦撰的《药师经疏》一卷；憬与撰的《药师经疏》一卷；净挺撰的《药师经灯焰》一卷；灵耀撰的《药师经直解》一卷，附梵文神咒；善珠撰的《药师经钞》二卷；亮汰撰的《药师经纂解》四卷；新罗太贤撰的《药师经古迹》二卷等。
近代的太虚法师在浙江宁波阿育王寺曾讲过一次《药师经》(1934年)；印顺法师在台湾省善导寺也讲过一次(1954年)；演培法师又于新加坡佛教学院讲过一次(1981年)。他们3人各有弟子记录成的《讲记》出版。此外，1934年上海佛学书局出版了何培着的《药师经旁解》。1990年11月，上海市佛教协会印出了金兆年、吴秋琴的《药师经白话解释》。
《药师经》的全部经文可分为三大部分，即「缘起分」、「正宗分」和「流通分」。「缘起分」叙述佛说此经的因缘。由此而引起开示全经的主题，为正宗分。佛之说法，不但是为了当时眼前的听众，而且还想到未来的听众，所以还要咐嘱流通，使后人也闻此佛法，代代不绝，是为「流通分」。「正宗分」是经文的主要部分，比较长，为宣讲时解释方便，根据经文意思、内容，分为十二节，每节列一小标题。
以前有的法师在开讲本经时，于「缘起分」中还分「叙事证信」、「礼请起说」两节，通常称为「通序分」和「别序」。同时在缘起、正宗、流通的总分前与各小节之首，都还分别以甲、乙、丙、丁等。佛说一部大经时是一气呵成的。我们后人为了深入领会和便于记忆、诵念，才将经文分为若干段落，但是如果分得太细太散，零零碎碎，就反而不能领悟经中要旨，看不到经文全貌，也就难以体味到佛祖讲述本经的基本精神与其境界了。
《药经琉璃光如来本愿功德经》这12个字，包含了佛法中所说的教、理、行、果四方面内容。「药师琉璃光」这5个字是东方琉璃世界教主的别名，「药师」两字是喻佛的大悲，由于有这大悲的驱使，应众生的种种病，施予种种法药，使众生得以出离生死险恶的苦海，所以被尊为大悲药师。药师不是现在指的药师，药师佛全称药师琉璃光如来，亦称药师如来、大医王佛、医王善逝、十二愿王等。为东方净琉璃世界之教主。此佛于过去世行菩萨道时，曾发十二大愿，愿为众生解除疾苦，使具足诸根，导人解脱。后依此愿而成佛，住净琉璃世界，其国土庄严如极乐世界。
《药师经》和《法华经》一样，属于大乘佛法中最上乘的秘密，是一切佛的秘密之教，不是普通密宗，是一切佛的最高秘密。从经典文字上看来很容易懂，实际上你真不懂。我们要了解，大乘佛法告诉我们，这个宇宙无论哪一方位，所谓东方、西方、南方、北方、上方、下方等等，十方三世都有佛，处处有佛，每个人都因缘、业力、性情的不同，而产生各种学佛、念佛因缘的差别。根据《华严经》的道理，一切佛都是毗卢遮那佛的化身，换何话说，十方三世诸佛都是一位佛，处处有佛，乃至一切众生，也都是毗卢遮那佛的化身。
因此，以《华严经》的密教道理而言，释迦牟尼等等，都是毗卢遮那佛的化身，包括东方、西方、南方、北方、十方三世一切诸佛。因此，要真正了解《药师经》，必须先彻底了解《妙法莲华经》(简称《法华经》)《法华经》讲到药王菩萨，它与《药师经》意义相同。要了解《药师经》的奥秘，就必须先好好研究《法华经》的《药王品》。此外，也要把《大藏经》中《佛说观药：王、药上二菩萨经》也抽出来研究。了解《药师经》，必须配合《法华经》的四品一起研究：
1、《法华经》第五品《药草喻品》；
2、《法华经》第七品《化城喻品》，
3、《法华经》第十晶《法师品》；
4、《法华经》第二十三品《药王菩萨本事品》。
要把这四品参透，要知道每一部经都是修持的法门，如果不了解这四品的真义，就永远不会懂得《药师经》的修持。
佛在说《法华经》时有一譬喻，佛是大医生，能医众生之病，能救众生之苦。佛开的是什么药方呢？中药？西药？佛在《药草喻品》中说：大地一切都是药。因为众生病，心病以及身病。整天不是头昏昏，就是心里烦闷，身心两病。你要吃哪一种药才治得好？当然心病仍要心药医，而心药只有佛法。我们求佛、学佛，是为医治身心的病而找这个药，但始终没能治好自己的病，因为药都没有吃对，病当然不会治好。
佛教有这么一个故事，文殊菩萨叫他的弟子善财童子去采药，善财童子抓一根草给师父说，你叫我去采药，哪里不是药？文殊菩萨言：善哉！善哉！对！对！到处都是药，毒药也可以治病，而且有些重病还非吃毒药治不好。补药，大家都认为好，吃多了也会补死人的。例如，伤风感冒吃高丽参等等补药，常常都是这样补死人的。然而，我们的身心之病，究竟要找哪一种药才能治好呢？那就要求教药师佛了！
药师法是圆融世出世间之法，是圆通显密之法；是释迦、药师、大日，非一非二，本师本尊一具之法；是般若空、般若不空双显之法；是法性、法相双融之法；是曼殊室利、执金刚对扬之法；是了生脱死，即在生活中』了生死，以药物为第一性、性空为第二性来认识人生而改造人生，不离实际，不尚空谈，现前脚下立地起修之法。
《药师经》是药师法的说明，药师法是药师定的作用，而药师定的本质就是色、息、心法。亦即教人如何在生活中了生死，而又在了生死中生活。所以药师经法是教人生活做人之大法，是教人即身认识人身人生而改造人身人生之大法。修密教者，修人道也。而修药师法者，是正修人道，以人合人，以人合天，天人合一也。故药师经法，是人间佛教正信、正念、正知、正见、正定、正命之正法也。
如来禅以安般人手，都摄六根，较侧重于息法；祖师禅以观心为本体．较侧重于心法；秘密以六大四曼二密为体相用，较侧重于色法。故如来禅为破惑证真之禅，祖师禅为明心见性之禅，秘密禅为即身成佛之禅。人体有色、启、心三大要素之分支，生活有饮食、呼吸、睡眠三大活动之需要，法门有如来、祖师、秘密三大体系之类别，禅定亦因三大法系而展开。药师定者，融秘密禅修色之要，会如来禅修息之奥，通祖师禅修心之妙。定有境界，有行相，有果证，皆待实修实证·，凭空开口不得。以其在生活中实修实证，故日常做人做事，生活习惯，饮食起居，呼吸睡眠，举手投足，起心动念，言语行为，心境意识，均为修药师定之行境，所以会做人生活者，会通药师法。
《药师经》之根本在十二大愿。言为心声，愿为心师。世法做人之根本端在立志，佛法之根本首在发愿。圣贤讲立志，菩萨讲发愿，实质一也。有药师之十二大愿，才有琉璃光世界，心大世界大，心净佛土净，愿真诚就真也。人本具欲，心可发愿。愿之与欲，本体是一，用则有异。有我则欲，无我则愿；迷者是欲，觉者是愿；识者是欲，智者是愿；凡欲学药师经法者，必先立药师之大愿，修药师之大定，无我为人，净心行愿。近代大德倡导人间佛教思想，就是希望人人发药师愿，行药师行，修药师定，成药师身，转娑婆世界为人间净土，转成琉璃光，这就是药师如来十二大愿之根本总愿。
清代玉琳国师曾说过，对于未能忘怀名利的人，未能深厌男女情欲、美食、欲望的人，如果要他们去修习净土往生法门，则往往因为众生身修净土而却心恋世间，终未得到多大的用处。如果人们要求不离欲而成佛智，则不如修习药师佛的法门，来得简单有效。修行者只要凭着信心，精进不懈，久而久之，也定可以随愿成就，救人祛病，延年益寿，而且更能于一切成就处直趋菩提，永不退转，，又何乐而不为？