欲修持药师如来法门者，应供药师如来像。上海佛学书局有石印彩色之像，可以供奉，宜装入玻璃镜中。供像之处，不可在卧室。若不得已，在卧室中供奉者，睡眠之时，宜以净布覆盖像上。
药师经，供于桌上。不读诵时，宜以净布覆盖。
供佛像之室内，须十分洁净，每日宜扫地，并常常拂试桌子。
供佛之香，须择上等有香气者。
供佛之花，须择开放圆满者，若稍残萎，即除去。花瓶之水，宜每日更换。若无鲜花时，可用纸制者代之。
此外如供净水供食物等，随各人意。但所供食物，须人可食者乃供之，若未熟之水果及未烹调之蔬菜等皆不可供。
以上所举之供物，应于礼佛之前预先供好。凡在佛前供物或礼佛时，必须先洗手漱口。 此外如能悬幡燃灯尤善，无者亦可。
以下略述修持课仪，分为七门。其中礼敬赞叹供养回向发愿，必须行之。诵经持名持咒，可随己意，或惟修二法，或仅修一法，皆可。
一、礼敬
十方三宝一拜，或分礼佛法僧三拜。本师释迦牟尼佛一拜。药师琉璃光如来三拜。此外若欲多拜，或兼礼敬其他佛菩萨者，随己意增加。 礼敬之时，须至诚恭敬，缓缓拜起。万不可匆忙。宁可少拜，不可草率。
二、赞叹
礼敬既毕，于佛前长跪合掌，唱赞偈云：
归命满月界 净妙琉璃尊法药救人天 因中十二愿慈悲弘誓广 愿度诸含生我今申赞扬 志心头面礼
以上赞偈出自药师如来消灾除难念诵仪轨。唱赞之时，声宜迟缓，宜庄重。
三、供养
赞叹既毕，于佛前长跪合掌，唱供养偈云：
愿此香花云 遍满十方界一一诸佛土 无量香庄严具足菩萨道 成就如来香
供养毕，或随己意增诵忏悔文，或可略之。
四、诵药师经
字音不可讹误，宜详考之。
诵经时，或跪或立或坐或经行皆可。
五、持名
先唱赞偈云：
药师如来琉璃光 焰网庄严无等伦 无边行愿利有情 各遂所求皆不退
然后念南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来一声后再持念药师琉璃光如来名号一百零八遍。若欲多念者，随意。
六、持药师咒
或据经中译音持念，或别依师学梵文原音持念，皆可。
或念全咒一百八遍。或先念全咒七遍，继念心咒一百八遍，后复念全咒七遍。心咒者，即是咒中唵字以下之文。
未经密宗阿阇黎传授，不可结手印。擅结者，有大罪。
持咒时，不宜大声，惟令自己耳中得闻。
持咒时，以坐为正式，或经行亦可。
七、回向发愿
回向与发愿大同，故今并举。其稍异者，回向须先修功德，再以此功德回向，惟愿如何云云。若先未作功德者，仅可云发愿也。
回向发愿，为修持者最切要之事。若不回向，则前所修之功德，无所归趣。今修持药师如来法门者，回向之愿，各随己意。凡药师经中所载者，皆可发之，应详阅经文，自适其宜可耳。
以上所述之修持课仪，每日行一次或二次三次。必须至心诚恳，未可潦草塞责。印光老法师云：有一分恭敬，得一分利益，有十分恭敬，得十分利益。吾人修持药师如来法门者，应深味斯言，以自求多福也。