万历四十三年七月二日，傍晚，杭州云栖寺丈室内。八十一岁高龄的莲池大师面西而卧，即将入灭。
早在半月前，大师即已预知时至。当时，杭城内处处都有大师的弟子。他便前往城中，遍告弟子们说：我要到其他地方去了。弟子们面面相觑，惘然莫测，并不知道大师要去哪里。
此时，一抹斜晖从窗户透射进来，正好笼罩在短榻上的莲池大师身上，如阿弥陀佛金色的手臂般轻轻抚慰。大师神态安详，仅口唇微动，似乎在默念着佛号。周围或跪或站诸多僧俗弟子，对于这样一位如父母般值得依靠的善知识，他们内心充满深深的哀痛和不舍之情。因而，个个面色凝重。
不久，门外脚步杂沓，最后一批弟子加入进来，人数的骤然增加，让本就不大的房间，显得更加水泄不通。
室内的众人全都屏息凝气，恭敬肃立，似乎等待一件极为重要的事情发生。
看看人到得差不多了，排首的一位弟子上前问讯后胡跪合掌，开口请求道：和尚，惟愿慈悲，哀悯我等，久住世间！旁边围绕着的弟子一起跪下，恳切和道：和尚，惟愿慈悲，哀悯我等，久住世间！
但短榻之上，瞑目似睡的老和尚并无丝毫反应。
众人心中明白，老和尚去意已决，不会再长久住世了。只好再次恳求：和尚既已决定西去，恳请作出最后垂示。这时，老和尚才缓缓睁开眼睛，作势欲起。身旁的弟子立即帮忙，将老和尚扶正。跪在下首的众多弟子们，这时听到头顶上方传来慈悲又严厉的声音：大家要老实念佛，不要装模作样，不得标新立异，坏我规矩！
开示完，大师不再说话，只是瞑目念佛而已。几声急促的佛号过后，老人的气息逐渐变得微弱，慢慢消失
众人慌忙抬首，短榻上的老人已玉筋双垂，瞑目而逝了。
一时间，屋内屋外所有人大放悲声，有捶胸顿足者，有不住叩头者，有沉默不语者，也有不断助念佛号者
这种令人痛心疾首的场面，大概只有在失去至亲的时候才会出现。
莲池大师自在往生西方后，弟子们遵照大师的遗愿，将其葬于云栖寺左岭之下。
纵观他老人家的一生，正如憨山大师所赞誉：才，足以经世；悟，足以传心；教，足以契机；戒，足以护法；操，足以励世；规，足以救弊。阐扬净土宗风，更是不遗余力，影响至为深远。因此，被后世弟子推尊为净土宗第八代祖师。
且看莲池大师一生为我们所做的示现：
一、 为了生死而出家
莲池大师生于嘉靖十四年（1535年），古吴仁和人（今杭州市仁和镇人），俗姓沈，父号明斋，母周氏。
大师最初学习儒书，以学识与孝行著称乡里。十七岁时，邻居有位老婆婆，每天念几千声佛号，长年坚持不懈。大师觉得很奇怪，就问她为何这么做。老婆婆诚恳地回答：我去世的丈夫经常念佛，临终身无病苦，与人拱手作别，非常自在。从那时候起，我就知道念佛的功德不可思议。大师听了老婆婆的回答深受启发，从此便栖心净土，并且在桌案上书写生死事大四个字警策自己。
二十七岁时，父亲亡故，三十二岁，母亲又溘然长逝。父母双亡，令他悲痛至极。《诗》云：哀哀父母，生我劬劳欲报之德，昊天罔极。自此，大师决意出家，体究生死大事，亦报答父母养育之恩。
大师曾娶妇张氏，生一子，但不幸早死，张氏不久也去世。嘉靖乙丑年除夕，继配汤氏捧来一碗茶汤放在桌上，不料，茶碗却忽然破裂。大师笑着说，因缘果然如此，没有不散的道理啊。
第二年，他就辞别汤氏：世间的恩爱都是无常的，生死也没有人可以替代，我走了，你自己做打算吧。面对此情此景，汤氏却很洒脱。她对丈夫说：你先走吧，我随后也要走了。（这位女中豪杰也在之后落发，并建了一座孝义庵修行，法名祩锦，亦为女丛林主。比莲池大师先一年而化，建塔在云栖寺右山）
于是，大师作《七笔勾》词，其中有一首说：凤侣鸾俦，恩爱牵缠何日休？活鬼乔相守，缘尽还分首。嗏！为你两绸缪，披枷带杻。觑破冤家，各自寻门走。因此把，鱼水夫妻一笔勾。
离家后，大师很快到杭州西山性天和尚处剃度，又到昭庆寺无尘玉律师座下受戒。
二、 开悟之后须念佛
大师圆具后，行脚遍参知识。在参访遍融禅师时，禅师对他说：你不要贪名求利，不要去攀缘，要一心办道，老实持戒念佛。大师深为感动，认为自己远道而来，老禅师不谈玄说妙，只将自己切实体认到的功夫和盘托出，因此拳拳服膺。
后来经过东昌府，听到樵楼上的鼓声忽然大悟，并作了一首偈子：二十年前事可疑，三千里外遇何奇。焚香掷戟浑如梦，魔佛空争是与非。
六载坎坷崎岖，芒鞋踏遍，如今终于桶底脱落。南游到云栖的时候，看到这里山水幽胜，产生了终老于此的想法。居士杨国柱、陈如玉等人，为大师盖了三间小茅屋，大师就在这里精修念佛三昧。
大师在山中形单影只，与寒岩为伴，本来修行很清净，并未有建寺的想法。然而，此山中多虎患，常常伤人，大师就诵经施食，消除了虎患，山中重新获得了安宁。
又有一年大旱，村民请求大师祈雨。大师说：我只会念佛，没有其他的法术。但是村民不肯罢休，说无论你念什么，反正把雨能给我们弄下来就好了。大师不得已，只好敲着木鱼，绕着田埂念佛。奇怪的是，随着大师的脚步，一时顷，大雨倾盆而下。村民们惊喜不已，通过这几件事，对佛法产生了强烈的信心。
为了感激大师，他们扛着木材，带着锄头要为大师建寺院。正好挖地时，挖到一块云栖寺以前的旧东西，这一次，众人建寺的心更加坚决。云栖寺建成后，大师亲自订立规矩，云栖道风远播，海内衲子归心，遂成为一大丛林。
三、 自利利他菩萨行
大师认为，佛陀设三无漏学化导众生，而戒为根本，因此决定匡扶戒律。大师曾组织寺内每半月诵一次《梵网经菩萨戒》及比丘戒，为方便学人，亲自撰写《沙弥要略》《具戒便蒙》《梵网经疏发隐》等。
当时，云栖寺内虽然僧人众多，但却规矩严肃。为整饬丛林，大师将他们分为多个堂口，如精进堂，老病堂，十方堂等，每个堂口有专门的执事管理，并订立规约。开门闭门都有时间，各个堂口均有警策语，定期宣讲。夜里派人巡逻。布萨时，则各以功过论赏罚，非常严厉。可谓堂堂有规约，事事有所依，执事明其职，修学各有式，误事罚银钱，赏罚甚分明。
云栖寺由于严净毗尼，尊崇讲诵，明因果，识罪福，整饬清规，真修实行，故能历数百年而不衰。
大师在此开净土一门，极力主张净土法门普被三根的理念，并著作多达十万字的《弥陀疏钞》，将事理融会其中。
大师在云栖期间，大力提倡放生。曾购买万工池、上方池和长寿池作为放生池。仅上方和长寿两个放生池，一年就耗费百余金。还在山中设了放生所，救赎飞禽走兽后，豢养其中。寺中僧众将自己的口粮节省下来，供物类食用。
大师定期为它们宣说佛法，即便飞鸟中有不断鸣叫者，只要大师的木鱼一响，则全部寂然无声，恭敬聆听。说完法，则振翅而飞。可见，众生皆有佛性。同时还撰写了《戒杀放生文》、《杀罪》、《医戒杀生》、《杀生人世大恶》等文，用许多栩栩如生的故事、事例和通俗的语言，论述了为什么要戒杀和放生，多次印行，传播极广，影响很大，声名远播。
大师德业和声誉隆盛，海内贤豪，无论朝野，无不归心感化。当时的慈圣皇太后在见到《戒杀放生文》后，为表达崇重三宝之心，特别遣内侍带着紫金袈裟和供养，启问大师法要。但大师并未接受紫金袈裟。慈圣皇太后更加崇敬大师，特别令人恭绘了大师的像供在宫中，日日礼拜。
四、 永明之后第一人
由于大师在当时的巨大影响力，终使云栖寺成为历数百年而不衰的专修净土道场，南方佛教的中心。
大师非佛言不言，非佛行不行，非佛事不作，道价日增，往来问道者指不胜屈。憨山大师对莲池大师给予了极高的评价，他称赞大师历观从上诸祖，单提正令，未必尽修万行。若夫即万行以彰一心，即尘劳而见佛性者，古今除永明，惟师一人而已。
法门之周孔观师之行事，潜神密用，安忍精进之力，岂非地涌之一乎？抑自净土而来乎？幻有正传禅师推莲池大师为当世金刚正眼。
此外，莲池大师著作宏富，共30余种，由其弟子僧人大贤、居士李守一等人汇集成为《云栖法汇》，共3函，34册。现恭录几句法语（出自《念佛警策卷上警众》），以飨有缘：
（一）
入道要门，信为第一。恶事非信尚不成就，况善事乎。譬如世间盗贼，时乎败露，官府非不以极刑绳之，迨后释免，依旧不悔。所以者何？他却信得这条门路，不赍一文本钱自获利无算，所以备受苦痛，决不退悔。
今人念佛再不肯真切加功，只是不曾深思谛信。不要说不信净土，只如世尊说人命在呼吸间这一句话，于义理不是难解说。你们眼里亲见，耳里亲闻，经过许多榜样。如今要你信得这句话，早是不能勾也。你若真实信得这句话，则念佛法门，不必要我费尽力气千叮万嘱，尔自如水赴壑，万牛不能挽矣。
即如前日津送亡僧时，你们睹此榜样，当愀然不乐，痛相警策道：大众，我与你但今日送某僧，明日送某僧，不知不觉轮到自身，此时悔恨无及，须疾忙念佛，时刻不要放过方好。我见你们自家也说可惜，对人也说可惜，及乎堂中估唱依然言笑自如。你只不信人命在呼吸间也！
（二）
今人不肯念佛，只是轻视西方。不知生西方乃是大德大福大智大慧大圣大贤的勾当。转娑婆成净土，不同小可因缘。汝但看此城中，一日一夜死却多少人。不要说生西方，即生天，千百人中尚无一个。其有自负修行者，只是不失人身而已。故我世尊大慈大悲示此法门，功过乾坤、恩逾父母，粉骨碎身不足为报。
（三）
念佛有默持，有高声持，有金刚持。然高声觉太费力，默念又易昏沉。只是绵绵密密，声在于唇齿之间，乃谓金刚持。又不可执定，或觉费力，则不妨默持。或觉昏沉，则不妨高声。如今念佛者，只是手打鱼子，随口叫喊，所以不得利益。必须句句出口入耳，声声唤醒自心。譬如一人浓睡，一人唤云某人，则彼即醒矣，所以念佛最能摄心。
（四）
予见新学后生，才把一句佛顿在心头，闲思妄想越觉腾沸，便谓念佛工夫不能摄心。不知汝无量劫来生死根由，如何能得即断？且万念纷飞之际，正是做工夫时节。旋收旋散，旋散旋收，久后工夫纯熟，自然妄念不起。且汝之能觉妄念重者，亏这句佛耳。如不念佛之时，澜翻潮涌刹那不停者，自己岂能觉乎。