忏悔的方式是可以从理上以及事上这两种方式来实践，也就是说，有事忏及理忏这两个部分。我们引用一段佛陀在《大乘本生心地观经》中的开示说明，经中是这么说：若能如法忏悔者，当依二种观门修：一者观事灭罪门，二者观理灭罪门。（《大乘本生心地观经》卷三）因此，佛在经典、律典中所说的方式，要如何实践忏悔时，可分为事忏与理忏。
从事忏上来说，如果是上根重戒的过失，那他必须要在佛前对众忏悔，也就是要对三人以上的四人，来发露忏悔自己的恶行，这样来灭除自己的戒罪；如果所犯的过失乃是中根戒罪的过失，那这位菩萨应该要在佛前面对一人行对首忏；如果犯的是下根小戒的过失，那他只需要在佛前自责其心而忏悔。所以，如法实行这些发露忏悔以后，而如实的遵守后不复作的悔法，也就是可以永不复犯同样的过失，这样才能圆满忏悔的功德。也是佛教对于忏悔，其实是积极进取的。也就是说，除了要忏悔之外，并且佛陀告诉我们，还要能够转变自己的心念，而且努力的实践护持正法、利益众生的行为；就如同古时候的世亲菩萨一样，他就是我们行菩萨道当中实践忏悔很好的一个榜样。
有时候我们在实践事相上忏悔的方式，也是可以透过拜佛的方式来灭罪。譬如我们再举《梵网经》中的开示，佛是这样说：若到礼三世千佛得见好相，若一七日，二、三七日乃至一年，要见好相。（《梵网经》卷二）所以，有的人他选择的忏悔方式，乃是以拜八十八佛忏、三千佛忏、万佛忏等等拜忏法，来灭除自己种种过失的罪种。因为自己是至诚心的发露忏悔而后不复作，所以就有许多人常常在拜忏的过程当中，与诸佛相应而感应道交。因为至心忆念诸佛菩萨，以为自己忏悔来作证，同时自己心得决定而改往修来，同时勇孟地发起菩萨的菩提大愿，这样能够广行菩萨道，来利益无量无边的众生；如此至诚心的忏悔的人，一定可以感应诸佛菩萨加持而灭罪。
我们来谈谈理忏的部分。理忏就是实相忏悔，也就是说一个证悟的菩萨行者，他可以实践实相忏悔，以自己转依真如体性的方式来忏悔过去的罪业。我们换一个方式来说，什么叫作实相忏悔？简单的说，实相忏悔就是一个真实证悟法界实相心的人，他亲证了法界实相心而得到真实的转依；因为他证悟第八识如来藏以后，得以现前观察第八识如来藏的清净体性，进而可以转依于第八识心体的真如法性，这样忏悔而实践实相忏悔。但是，这样的忏悔，必须是要已经证悟明心的菩萨，他才可以有能力这样如实修习这个实相忏悔法。如果是还没有证悟第八识的人，而他只是以文字的内容去理解第八识心体的真如体性的话，他是没有办法现前观察第八识真心；这样没有证悟的菩萨，他依于正知见而修习实相忏悔，那只是相似的实相忏悔，功德并不成就。如果是错悟的人来实行这个实相忏悔，更不可能成就；因为他根本不能现前观察如来藏的真如法性，因此他也根本没办法来成就实相忏悔的功德。
而证悟的菩萨是可以现前观察，第八识如来藏心体乃是离于三界万法，没有一切相，祂是如如不动的清净体性；既然没有一切相，当然没有所谓的持戒、犯戒问题，同时也没有所谓忏悔的人可说；能够这样现前观察通达这个道理，就叫作实相忏悔。所以，这个实相忏悔能够灭罪的原理，是因为第八识真心如来藏本身无罪可言。我们的五阴七转识会犯戒会有罪，而第八识如来藏无罪，因为证悟了这个真心以后，可以真实转依第八识如来藏而行，那就可以依于如来藏的无罪性来说清净；这样证悟的菩萨，不是以我们的五阴身相应的罪性来当作他的依止，他乃是依止于如来藏的真如法性。所以，证悟菩萨他知道，这样实相忏悔得以清净以后，可是于未来世他还是会与这些恶业因缘来遇到现行；自己因为此世已经实践实相忏悔，依止于如来藏成功转依的功德力显发，藉着这个缘来成就佛道自利利他的增上行。因为这个恶业种子在未来世现行的时候，也是一个逆增上缘的缘起；菩萨藉这个现行的机会，能够转变染恶种子成为善净种子，对于一切的顺逆境界，都可以成就佛事。因为转依如来藏这样的一分功德，一定远远超胜于原来所造恶业的势力；因此，菩萨于悟后能够这样随缘度众而使得过去无量恶业种子现行，这个就叫作发露；并且能够因为转依而心得决定，不再回熏恶业种子回到如来藏当中，这样我们可以叫作永不复作。如此这两种统统能够具足，我们就叫作忏悔。所以，亲证第八识而能够实践实相忏悔，他能够现量的境界当中观察、安住于如来藏的真如法性当中，让七转识能够依止于清净实相的第八识而行；能够这样亲见、能够这样证得的人，我们古时候大慧祖师有说，这样叫作真实的忏悔者。这个就是实相忏悔的总相义理、总相真义。
因此，对于菩萨行者来说，第八识如来藏当中的业种的消除，就在这样接近两大无量数劫，也就是三十分之二十三的内门广修六度万行的过程当中，证悟菩萨靠这些因缘来摄受众生。因此说，实相忏悔灭罪的要领，自己能够转依无罪性的如来藏才是重点。如果证悟之后，还是依于过去的恶见，依于自己所造恶业的习气性障而行，那就不是真实的转依、真实的证悟，因为他的转依并没有成功；既然转依没有成功，那就没有实相忏悔的功德。如果他不是真实参究，而是打探密意而知如来藏密意，那他更没有现前观察如来藏的功德，这样的人不具有真实证悟的德行，那要实践实相忏悔更不可能。所以，实践实相忏悔的关键，在于能够如实地参究证悟，这才是根本的问题。如果自己所证不真，或者是打探密意而知，那这样的人，他所实证的三德必定不会生起，而会继续执取了我见而没有断我见的功德；这样的人他连解脱德解脱恶见的功德都没有，更何况能够具足对三界恶习、无明而有的解脱功德呢？所以这样的人，他的解脱德一定不会生起。因为这个道理，所以我们要实践实相忏悔的人，必须要如实亲证第八识如来藏而得以转依，才能对于恶业习气种子的解脱有少分的功德。这个乃是大乘证悟菩萨应当修也应当行的要点。
所以，这样的实相忏悔必须是要证悟的菩萨，他能够现前观察如来藏清净无为的体性乃至无量无边，因此而转依如来藏，转变自己七转识的行为，转而依止于如来藏的无贪性、无瞋性、无私性、中道性、菩萨性等种种的无漏法性。所以我们换一个层面来说，证悟的菩萨他在悟后努力的护持正法，其实也是实相忏悔的一分功德；如果悟后他努力的破邪显正救护众生，也是实相忏悔的功德之一；悟后于内门中广修六度万行，也是实相忏悔的功德之一。所以我们可以说，一个真实行菩萨道的行者，他就是真实行实相忏悔的人。菩萨就是这样努力的在三大无量数劫的普贤行当中，一直努力到佛地的究竟果位，才能如实圆满的成就实相忏悔的究竟。但是，证悟的菩萨得以实相忏悔，这个人他可以现观罪性本空，是因为他有实证实相心的基础以及转依的功德。
可是我们也要注意的是，这个实相忏悔的修法，很容易被人拿来误用，作为其犯戒的藉口。其实这个犯戒的人，他根本没有实证第八识，却自己以为实证第八识，然后他一直犯戒不断，根本没有转依的功德。那这样的人，其实他是恶取空的人，这个人他对于经文是断章取义，只会挑自己有利的。譬如他说五阴，他认为五阴根本没有持戒，他把如来藏无罪性拿到五阴来用，所以他认为没有犯戒的问题，因此他也没有什么犯戒的人，他以为这样反正什么都无。实际上这样的人，他其实是贪着我、我所的人，因为这样的人他是邪见不断，因此他有所造作而有所取舍，所以这样的人根本不是真实的忏悔。那这样恶取空的人，他在未来际还是必须要面对严厉而不可爱的异熟果报，因为他的业行就是如此，而又没有实相忏悔的功德。
可是，如果一个真实实证而转依真如体性的修行人，他就不会有所造作而取舍，当他有过失的时候，该忏悔的时候忏悔，该改过的时候改过；他的心虽然远离世间的戒律相，但是他的五阴身口意行，仍然是中规中矩而不犯戒，而成就无作戒的功德。这样的行者才是真正理事圆融的实相忏悔者。
因此，还没有证悟的人，实际上应该要实行取相忏悔；并且要多多熏习文字般若的正理，而且以熏习文字般若正理的这些功德，闻慧、思慧，成为对于真实正理的闻慧、思慧的功德力；来熏修正理的功德为正因，回向早日圆成明心证真的正果；这样进入到内门广修六度万行以后，而能够真正的实践真实如法的实相忏悔，才能够一步一步的往成佛之路前进。所以，一切的佛弟子应该是要这样如法的去实践，而不是只有在表面上去参加拜忏，什么大悲忏、梁皇宝忏、水忏等等的法会而已，可是心却没有在忏悔这上面用心，而这样成就的忏悔功德是有限的。
真正的佛弟子是能够如理、如实、如教的实践忏悔这两个法，同时也不追悔于过去而成就悔箭入心的过失。因为菩萨在因地学戒的阶段，多多少少会有造作恶业的因缘；然而却透过实践忏悔的方式的改过，进而努力的在反方向来补救，而能够在尽形寿努力的护持正法利乐有情上面用心，并且能够努力的回向成就佛道，这样积极进取的作法，才是积极正向的忏悔功德显发。佛弟子应该要有这样的正见，不要追恋过去所造的恶业，该忏悔如法的忏悔；如果追悔过去，就会停滞不前。所以，忏悔之法乃是要转变染恶的身口意行，成为善净的身口意行；也就是说，忏悔的目的，就是要让自己染污的种子，回熏到如来藏当中成为清净的种子。所以，菩萨行者本身的如理作意，以及有过失忏悔后改往修来的身口意行，这才是修行成就一分清净功德很重要的要领。但是，很多的学佛人，却是对于忏悔以及改过回向的真实义理有所误会。而真正的忏悔功德是要能够善净意乐，却犯已还净，后无违犯。菩萨行者实践忏悔这些善法的时候，还要以这个忏悔的功德来回向给对方，祈愿双方能够解冤释结，同样趣向佛道。
阿弥陀佛！