药师佛十二大愿：
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时。自身光明炽然。照曜无量无数无边世界。以三十二大丈夫相八十随好庄严其身。令一切有情如我无异。
第二大愿：愿我来世得菩提时。身如琉璃内外明彻净无瑕秽。光明广大功德巍巍。身善安住焰网庄严过于日月。幽冥众生悉蒙开晓。随意所趣作诸事业。
第三大愿：愿我来世得菩提时。以无量无边智慧方便。令诸有情皆得无尽。所受用物。莫令众生有所乏少。
第四大愿：愿我来世得菩提时。若诸有情行邪道者。悉令安住菩提道中。若行声闻独觉乘者。皆以大乘而安立之。
第五大愿：愿我来世得菩提时。若有无量无边有情。于我法中修行梵行。一切皆令得不缺戒具三聚戒。设有毁犯闻我名已。还得清净不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时。若诸有情。其身下劣诸根不具。丑陋顽愚盲聋喑哑挛躄背偻白癞癫狂种种病苦。闻我名已一切皆得端正黠慧。诸根完具无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时。若诸有情。众病逼切无救无归无医无药无亲无家贫穷多苦。我之名号一经其耳。众病悉得除身心安乐。家属资具悉皆丰足。乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时。若有女人。为女百恶之所逼恼。极生厌离愿舍女身。闻我名已一切皆得转女成男具丈夫相。乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时。令诸有情。出魔罥网。解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林。皆当引摄置于正见。渐令修习诸菩萨行速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时。若诸有情。王法所录。缧缚鞭挞系闭牢狱或当刑戮。及余无量灾难凌辱悲愁煎迫。身心受苦。若闻我名。以我福德威神力故。皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世得菩提时。若诸有情。饥渴所恼。为求食故造诸恶业。得闻我名专念受持。我当先以上妙饮食饱足其身。后以法味。毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世得菩提时。若诸有情。贫无衣服。蚊虻寒热昼夜逼恼。若闻我名专念受持。如其所好即得种种上妙衣服。亦得一切宝庄严具华鬘涂香鼓乐众伎。随心所玩皆令满足。
持诵药师咒的利益：
一、利他
亲人好友生病难过，可为他持咒，每次持咒108遍，加持在病人的药物、食物或煮开的水里给病人服用，可以帮助病人脱离病苦恢复健康。为病人持咒治病，最好能够先洗澡漱口，保持身口的清净。
二、自利
自己生病依前面方法为自己解除疾病。多念药师咒可以无病延年，常保健康。
三、往生药师佛净土
念药师咒命终可以往生美丽的药师如来净土，不会有堕落三恶道的恐怖，也不必再来人间受冷暖之苦。