慈恩寺中国佛教法相宗的祖庭，在陕西省西安市和平门外雁塔村，始建于隋开皇九年（589年），初名无漏寺，唐初荒废。贞观二十二年（648年）唐太子李治（唐高宗）给其母文德皇后追荐冥福，于无漏寺故址上扩建寺庙，定名慈恩寺。寺院宏阔壮观，殿舍1897间。寺内为玄奘专建一座译经院供玄奘率高僧学者译经之用，是当时最大的国立译场之一。
唐贞观二十三年（649年）农历十二月的一天，长安安福门街道上熙熙攘攘，唐朝廷正在举行盛大的迁寺仪式。弘福寺山门前，摆着二百多尊各式佛像，五百多面金丝刺绣幡迎风招展。玄奘法师从天竺带回的佛像、经典、舍利等物，也都由僧人们搬出，放置在停靠于寺外的一排花车上。
玄奘微笑着登上头辆花车，其后是五十位高僧分乘五十辆宝车，游龙般的车队浩浩荡荡驶向慈恩寺。长街两旁梵音高奏，队列前后钟鼓喧天，各寺僧众手持鲜花，齐唱礼歌赞曲，文武百官率衙役尾随其后。长安百姓夹道散花，大街小巷人声鼎沸。玄奘法师住进了慈恩寺。
唐太子李治于次日清晨率百官到慈恩寺出席度僧大典。君臣们面朝佛像躬身膜拜后，李治声泪俱下地叙说了为他逝去的母亲文德皇后而建造慈恩寺的经过，言辞中充满了对母后的怀念之情，令侍臣及僧众侧然心伤。
玄奘抬袖拭面，劝慰李治说：太子孝母情挚，世人称颂，而今又广立伽蓝，创建慈恩寺，更是有口皆碑。贫僧定不负太子恩德，早日将唯识佛经译出，以弘扬佛法，渡万民于苦海。
自此，玄奘深居慈恩寺专心译经，每日通霄达旦，刻苦异常。玄奘身为慈恩寺上座，同时还要处理日常庙务，负责监督制作皇帝要求完成的二百多尊宝装佛像。许多俗家子弟钦慕玄奘大名，纷纷请其受戒。慈恩寺的回廊上常有百余人在耐心等待，虔诚至极。玄奘谦逊和蔼，不厌其烦地为他们一一受戒。历经数年，玄奘度僧无数。他讲经说佛言简意赅，听众无不受益，前往皈依者与日俱增。慈恩寺因此声名大振。
唐永徽四年（653年），日本僧人道昭随遣唐使来到长安，入慈恩寺求师玄奘，系统学习了唯识宗论。归国后，他在奈良的元兴寺广传唯识学说，成为日本慈恩宗的始祖。
唐显庆三年（658年），智通、智达二僧从日本渡海，来长安投奔慈恩寺受教于玄奘，成为日本唯识学派的第二代宗师。长安慈恩寺作为日本慈恩宗的发祥地，在日本佛学界享有极高的声誉。
玄奘辛劳译经的同时，还向门徒讲授唯识经，培养了一批唯识学者。一次，玄奘在慈恩寺为其高徒窥基秘传唯识真经，另一位叫圆测的徒弟探知此事，就用银两贿赂守门人，潜入讲经场暗中窃听。玄奘刚讲完唯识论，圆测便自以为得到真传，兴奋地跑到长安西明寺设立讲经场，照本宣科讲起经来。
窥基对圆测这一行为甚是气愤，准备当众揭穿他的行径。玄奘阻止说：圆测虽听去唯识经法，却不解《因明》意蕴，为师再将《因明》学另传与你。
《因明》是天竺陈那所撰的经论，有三支，即宗、因、喻立破之说。窥基熟读此经，耳目一新，遂自成一派，与圆测分庭抗礼，号称窥基派。圆测的宗派则称圆测派，后传入高丽（朝鲜）风靡一时。
玄奘在漫长的译经、传法生涯中，深感世事沧桑，担心自己历尽艰辛从天竺取回的经卷及法器将随着王朝的更迭而毁于一旦。因此，他决意要在慈恩寺建一座石佛塔，以珍藏这些无价之宝。
唐永徽三年（652年），玄奘奏表高宗皇帝，陈述建塔之必要性，请求仿世尊故迹建一座高10米的巨型石塔。高宗阅过表章，派刺吏中书舍人李义府颁布诏令曰：法师所需石佛塔工程浩大，按目前国库财力，恐完工之日遥遥无期，鉴此，朕希望法师量力而行，改石塔为砖塔。
新设计的砖塔高5层60余米，塔基四边宽46米，每层塔的中心建有内室，收藏舍利共计一万多粒。整体建筑模仿西域雁塔形状，为土心砖面的方形楼阁式塔。动工之日，玄奘亲自挑土搬砖，费时两年，才建好这座佛塔。
唐麟德元年（664年）正月初一，协助玄奘译经的诸位高僧请求他再主译《大宝积经》一部，玄奘应允，提笔翻译了几行，却力不从心，只好收起梵文原本，抱歉地对僧人们说：贫僧自感大限将近，不久将脱离尘世，恐无力完成译此浩繁之经卷了。
八天启的傍晚，玄奘不慎跌跤，伤及腿部，从此病卧在床，疲惫乏力。一天深夜，他从睡梦中惊醒，呼唤一位叫嘉尚的弟子说：你把为师翻译过的所有经卷都找来，编成一个目录，让为师看看。嘉尚谨遵师命，详细统计出玄奘译过的经典75部，共计1335卷。
玄奘看着眼前丰硕的成果，欣慰地笑了，说：贫僧终生披肝沥胆，虽未能使天竺佛法普照东土，但也算尽力而为了。嘉尚，为师不久将诀别于人世，请速敲钟召集有缘的人来。慈恩寺大殿上的巨钟霎时急促敲响，各位门徒及译经高僧闻声赶来，围在玄奘的病榻前，倾听法师默唸遗嘱。
二月初五夜半时分，玄奘起身侧卧，右手支住头，左手放在大腿上，双脚重叠屈伸，含笑进入涅槃世界。
玄奘圆寂，举国哀思，唐高宗呜咽饮泣。为避免皇帝触景生情，唐总章二年（669年），朝廷敕令将玄奘法体从长安迁至攀川北原（西安境内）改葬，先建灵塔，继建寺院兴教寺。原灵塔毁于黄巢义军兵火。现存玄奘灵塔，高23米，塔上嵌有塔铭，记述了玄奘的生平业绩。灵塔两侧是玄奘两位上座弟子窥基和圆测的陪侍塔，是高约10米的舍利灵塔。