南无常住十方佛 南无常住十方法 南无常住十方僧（三称）
愿此香花云 徧满十方界 一一诸佛土
无量香庄严 具足菩萨道 成就如来香
药师赞：皈命满月界 净妙琉璃尊 法药救人天 因中十二愿
慈悲宏誓广 愿度诸含生 我今申赞扬 志心头面礼
净身业真言：唵 修多利 修多利 修摩利 修摩利 莎诃
净口业真言：唵 修利修利 摩诃修利 修修利 莎诃
净意业真言：唵 缚日啰 怛诃贺吽
安土地真言：南无三满哆 母驮喃 唵 度噜度噜 地尾莎诃
普供养真言：唵 耶耶曩 三婆缚 伐日啰吽
赞文:南无药师会上佛菩萨（三称）
莲花花瓣安住八佛及经卷迎请药师七佛圣众集海会八大菩萨十六大士来围绕 十二药叉神将各领诸眷属大梵帝释天王金刚力士等土地龙神城隍诸护法 龙天八部护正法助扬药师法门得圆满普能利乐诸有情同证如来无上道
一心皈命药师海会诸佛菩萨祈请加持佛光照耀除灭弟子众等无始贪瞋痴以此修法所集善功德普皆回向十方法界诸众生安住正道圆成佛智
祈请护法:
奉请大梵天王奉请帝释天王奉请四大天王
奉请宫毗罗大将奉请伐折罗大将奉请迷企罗大将奉请安底罗大将
奉请頞儞罗大将奉请珊底罗大将奉请因逹罗大将奉请波夷罗大将
奉请摩虎罗大将奉请真逹罗大将奉请招杜罗大将奉请毗羯罗大将
称佛名号与十二大愿:
南无本师释迦牟尼佛（三称）
南无药师琉璃光如来（三称）
南无药师琉璃光如来本愿功德经（三称）
药师琉璃光如来本行菩萨道时发十二大愿令诸有情所求皆得
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异．
第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月．幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业．
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少．
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉念安住菩提道中，若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之．
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒，设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣．
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋，顽愚，盲，聋，瘖，痖，挛，躄，背偻，白癞，颠狂，种种病苦．闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦．
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提．
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身，闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提．
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔羂网，解脱一切外道缠缚．若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提．
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦．若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦．
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业．得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之．
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼，若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所翫，皆令满足．
药师偈：
药师如来琉璃光 焰网庄严无等伦 无边行愿利有情 各遂所求皆不退
安住众生于正道悉皆成满菩提愿
南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来（三称）
南无药师琉璃光如来（一０八）
南无日光遍照菩萨（三称）南无月光遍照菩萨（三称）
药师灌顶真言：
那谟薄伽筏帝，裨杀社窭噜薜琉璃，钵剌婆喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿罗诃帝，三藐三勃陀耶。怛侄阤：唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝娑诃
消解病咒：
唵 室哩哆 室哩哆 喗咤唎 娑诃(七遍)
解冤偈:
解结解结解寃结 解了多生寃和业 洗心涤虑发虔诚 今对佛前求解结 药师佛药师佛 无上医王药师佛 随心满愿药师佛
回向:
十二药叉大将 助佛宣扬 五色彩缕其名 随愿悉圆成．寃业冰清 福寿永康宁 佛光注照○○○本命元辰 灾星退度福星临 九曜保长生运限和平福寿永康宁
愿此胜功德普施诸众生四恩皆总报三途定济资一切修法者
感应随时现佛陀正法兴广利诸有情一切弘扬者圆证如来智