药师佛手印：双手内缚，两食指并竖，手腕相距二至三寸，以两拇指弯曲交叉三次，内缚的左四指是众生的四大，右四指乃佛界的四大，一切病障源自四大不调，故以佛界的四大当作众生界的四大来调和之，以两拇指来回的弯曲交叉，把众生业、界四大的三病召入药壶中，成为理、智、教的三药；又内缚表月轮，二拇指为去二我，以此召请人法二空之义，此乃药师如来的根本印，又名为药师印。
坛城法语：药师如来的用印也是药师如来的根本印,也称药师印。什么时候用，我们感觉身体有病或不舒服的时候。用印是用，是可以动的。
以左膝托左手，掌心向上，右手同左手一般，重叠于左手之上，两拇指指端相拄。或有说定印上观药壶，药壶中纳十二大愿之妙药，来度脱众生。
坛城法语：药师法界定印与释迦牟尼佛、阿弥陀佛法界定印一样，是一个印。此定印属于体印。右手四指置左手四指上，表佛的四大加持众生的四大，两手拇指相抵，均归入空性――法界。如来定印是体，定印是不能动的，不要在结定印时手晃动。