◎皈敬祈请
南无本师释迦牟尼佛。
南无药师琉璃光如来。
南无日光遍照菩萨。南无月光遍照菩萨。
南无文殊师利菩萨。南无十二药叉大将。
南无药师会上佛菩萨。
◎称赞如来
归命满月界。净妙琉璃尊。法药救人天。因中十二愿。
慈悲弘誓广。愿度诸含生。我今申赞扬。志心头面礼。
◎广修供养
愿此香花云。遍满十方界。一一诸佛土。 无量香庄严。具足菩萨道。成就如来香。
◎忏悔业障
往昔所造诸恶业。皆由无始贪瞋痴。从身语意之所生。一切我今皆忏悔。
◎本愿功德
念经题：南无药师琉璃光如来本愿功德十二神将饶益有情结愿神咒拔除一切业障经
(按：随个人时间允许，可择广中略三种修法。广法可念药师全经、中法念十二大愿文、略法只称念经题)
◎一行三昧
前行：
般若波罗蜜多心经(一遍，经文略录)(若善男子善女人。欲入一行三昧。当先闻般若波罗蜜如说修学。然后能入一行三昧。如法界缘。不退不坏。不思议无碍无相。)
正行：(先唱赞偈云：)
药师如来琉璃光。焰网庄严无等伦。 无边行愿利有情。各遂所求皆不退
(续云)「南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来。」
(以后即持念)「南无药师琉璃光佛」(名号108遍。若欲多念者，随意。)
◎光明灌顶
南谟薄伽伐帝 鞞杀社窭噜 薜琉璃钵喇婆 曷啰阇也 呾他揭多也
阿啰喝帝 三藐三勃陀也 呾侄他
唵 鞞杀逝鞞杀逝 鞞杀社三没揭帝 莎诃(3或7或21或108遍，或念心咒亦可)
(加持物品时念)弟子至诚祈求大慈大悲药师琉璃光如来及药师海会诸大圣众，不违本誓，怜悯有情，加持此药 (或食物或纯水或病人）令及法界一切有情众生，病苦消除，身心健康，寿命延长。
◎回向发愿(以下可任选一种，或念自己习惯之回向，但皆须念「愿药师法兴盛回向文」以总结。)
佛光注照(称自己名或他人名)本命元辰，
灾星退度福星临，九耀保长生。
运限和平，福寿永康宁。
解结解结解冤结，解了多生冤和业，洗心涤虑发虔诚，今对佛前求解结。
药师佛、药师佛、消灾延寿药师佛、随心满愿药师佛。(按：此句「消灾延寿药师佛」可依个人所求不同变化，如求智能即念「开我智能药师佛」)
愿以此功德，供养药师佛，上报四重恩，下济六道苦。
法界诸众生，悉发菩提心，尽此一报身，同生琉璃国。(或自己所愿生之净土)
◎愿药师法兴盛回向文：
祈愿药师法，大德广弘宣，现前及当来，遍扬十方界，
法缘转增盛，如日耀中天，一切众生闻，佛愿广加被，
业障悉消灭，福慧皆圆满，往生佛净土，速得正等觉。