密宗发展阶段，在印度和西藏有的采用经典分类法，依密宗经典的内容来区分，有的以密宗经典完成的先后顺序来考量，把《大日经》和《金刚顶经》完成的时期，视为印度的“中期密宗”，在此之前，称为“初期密宗”，其后称为“后期密宗”。
佛教流派包括其他的大乘佛教,上座部佛教，则被称为显教。密宗的别名甚多，又称为怛特罗佛教、密宗、秘密教、秘密乘、密乘、金刚乘、真言乘、瑜伽密教、金刚轮、真言宗。
大日遗教
载籍相传， 密宗的始经典乃法身佛大日如来所说， 化身金刚萨埵将其教法结集为《大日经》、《金刚顶经》等， 藏于南印度的铁塔中待人传弘。释迦佛陀涅槃后七百年时，有龙猛菩萨开铁塔，亲礼金刚萨埵，受「金刚界」〈依《金刚顶经》〉、「胎藏界」〈依《大日经》〉两部大法。龙猛菩萨又传给他的弟子龙智，从此以后，由于流布的先后和区域不同，密宗分为两大流派︰一派于唐代传来我国，称为「唐密」；一派流行于我国西藏自治区一带，称为「藏密」。
历史上密教流传地域十分广大，目前密教在日本和西藏最为兴盛。日本密教传承自中国的唐密，唐密传承自印度的前期、中期密教。日本有东密（真言宗）和台密（天台密教）两大分支，东密的道场在东寺、高野山，台密在比叡山、三井寺，本尊是大日如来。藏密流传于西藏、青海、蒙古和云南、四川西部，本尊是普贤王如来、金刚总持等。南诏大理国还盛行过阿吒力教，俗称滇密。
唐密概况
唐代传入
龙智把密法传给善无畏及金刚智二人。 善无畏于唐开元四年来华，译出《苏悉地经》及《大日经》；金刚智于开元八年偕弟子不空同来，翻译《金刚顶经》。其后传于日本， 再分为「东密」及「台密」。
再传日本
日本僧人空海〈世称弘法大师〉，入唐留学， 获不空门下惠果的青睐，尽传两部大法仪轨。回日本后，弘扬于高野山东大寺， 故称为「东密」。它的教团有严密组织，系统又完备，故在日本盛行一千多年，凌驾在各宗之上。
其后，日本僧人最澄〈世称传教大师〉，来唐学佛，初期研习天台宗，后就学于善无畏法脉的晓顺大师，回国后， 弘法于根莱山高雄山寺，因受天台宗思想影响，故称为「台密」。
流行于中国的密宗，遭唐武宗会昌法难，变得无人继承。惠果以后九十年唐代灭亡，接着是五代的战乱，学者著述，荡然无存，部份仪轨流入民间，但精华尽失，只剩为瑜伽燄口、渡亡超荐的法事。
藏密概况
晚期佛教
西藏自治区所流传的是印度晚期的密教，它在形式上深受婆罗门教的影响，在教理上则融合瑜伽〈唯识〉和中观学派，故其组识较初期密宗更为完备，而以中印度摩揭陀国的超岩寺为根据地。
分成五派
公元八世纪，西藏赤松德真王在位，大事引入佛教，除了派遣学僧留学印度外，又从印度聘请很多硕德高僧，从事翻译与弘传。其中密教以寂护大师及莲花生大师最负盛名，他们建立桑耶寺作为西藏密教的根本道场。不久，莲花生大师回印度，但其高徒二十五人则仍留西藏，终于密教普及于全藏。由于师承不同，结果演变为五大派︰
一、宁玛派 宁玛，意为古旧。 是莲花生大师所传来未改的密教，以「大圆满」法为最高。由于此派僧人皆红衣红冠，故俗称「红教」。
二、噶登派 噶登，意为教诫。公元十一世纪，东印度僧人阿底峡尊者，博通显密，尝为超岩寺上座，受聘入西藏。他努力宣扬显密贯通，观行并重的大乘学，树立新风范。以「上乐」及「密集金刚」法为最高。
三、噶朱派 噶朱，意为教敕。创自公元十一世纪的马尔巴大师，他曾三度游学印度，就学于超岩寺，回西藏后，传给弟子密勒日巴大师，因密勒日巴大师终生苦行，常穿白衣，故俗称为「白教」。此派以「大手印」为最高的法门，并首创「转生法」作为继承制度，转生者称「活佛」，于是西藏各派争相仿效。
四、萨迦派 萨迦，意为灰地，以地名作为宗派名称。创自公元十一世纪的西藏王族崑恭初波，他从释迦智译师学显密经典，后来萨迦地方建寺讲学，故称萨迦派。此派以中观思想作为密宗教义，提倡显、密对合而修，最高的法门为「道果」。因用红、白、蓝三色作为徽号，故俗称「花教」。元代时有发思巴得世祖忽必烈的尊崇，封「大宝法王」，创造蒙古文字，并统领各国佛教。
五、格鲁派 格鲁，意为善行，即能谨守戒律之意。公元十五世纪有宗喀巴目睹僧徒疏于戒律，有改革的大志。 他一面尊崇阿底峡融合显、密的学说；又采取各学派所长， 合为一说；而且严守戒律，故成为一种新风气，流传至今，成为西藏佛学的正宗。他及门人皆黄衣黄冠，故俗称「黄教」。宗喀巴二大弟子为弘法方便， 亦用转生的方法，分别得「***」〈大海〉、「班禅」〈大宝师〉之封号，后来更统一西藏，成为政教合一。
晚近概况
再度流行
民国以后， 密宗在中国渐见蓬勃。 日本僧人权田雷斧把东密金、胎两部大法反哺中国，并曾莅临香港；西康、西藏的大德如班禅、贡噶、诺那等人纷纷来中国弘化。 而国人方面， 王弘愿、程宅安、释持松等曾亲到日本学习唐密；太虚大师派遣大勇、法尊等留学西藏， 学习黄教密宗， 他们俱得阿闍黎位， 回汉土从事弘传， 翻译或著作。
唐密思想
金、胎两部
初期的密宗是依赖《大日经》和《金刚顶经》而成立， 从《大日经》所展开的境界叫做「胎藏界」，象征大日如来的理性。众生本来具有如来的一切功德，但却隐覆在烦恼中，有如子体含藏在母胎中；要经过修道才可以显露出来。由《金刚顶经》所展开的境界称为「金刚界」，象征大日如来的智慧。此智慧虽然沦没于生死之中，但并不朽坏，还能够摧破一切烦恼，有如金刚的坚锐。这两界合称为「金、胎两部」，它们在结构上虽然有异，但只在迷悟的分野，根本都存在于生的身心之中，只是不自觉吧了！
即身成佛
这两部的主尊都是大日如来，是一切如来功德的总体；是宇宙的根源。由他而生出其他的佛、菩萨、金刚等。六大是他的体；四曼是他的相；三密是他的用。众生本来就是六大所成，有四曼之相，经过自己三业的修行，与大日如来的三密合一，便能即身成佛。
即事而真
所谓六大为体者︰此宗立六大缘起说。 六大就是地、水、火、风、空、识。 前五种是物， 后一项是心， 彼此都不相障碍。 一切圣人、凡夫、器界都是六大所成。 六大所成之物无不是法身的标帜， 是如来智慧的表现。 这种以现象界的事物不异于本体的观念， 称为「即事而真」。
所谓四曼为相者︰六大所造成的世界可概括为四个范畴， 称为四曼陀罗。 曼陀罗译为坛城， 是圆满具足的意思。
一、大曼陀罗︰指万物的色相， 包括众生的身体乃至佛菩萨的色身。
二、三昧耶曼陀罗︰指万物的外形， 包括佛菩萨所持的法器， 所结的手印等。
三、法曼陀罗︰指万物的名称， 包括一切声音、语言、文字、真言、经典等。
四、羯磨曼陀罗︰指物的作用， 一切众生的行为， 佛、菩萨的度生事业等。
所谓以三密为用者︰大日如来的身、语、意三业非凡夫所能了知， 所以称为三密。 六大的体相就是大日如来的身密；一切音声尽是大日如来的语密；一切心念， 都是大日如来的意密。 这三密包含万法的业用。
三密加持
行者修法时， 手结契印即是身密；口诵真言是语密；心入本尊三摩地是意密。 以自己的三业和佛的三密「入我我入」， 融为一体， 而得到佛的三密加持， 速能证得佛果。
藏密思想
无上瑜伽
以上所说的是唐密的通义。 至于藏密， 则其教理不离中观、瑜伽两宗的学说， 只有修行的方式和他们不同。 又因为藏密所保存的印度超岩寺晚出的经轨， 多为唐密之所无， 西藏密宗大师一般是将密法由浅至深分为四级的︰一、作密， 二、修密， 三、瑜伽密， 四、无上瑜伽密。 特尚「无上瑜珈」的独特修法， 贬唐密所修的为下三部密而不加重视。