所谓丛林制度，原来专指禅宗的僧团制度，明、清之后，丛林制度则泛指所有的汉传佛教寺院制度。中国的丛林制度是由禅宗高僧马祖道一和百丈怀海禅师所首创，从表面上看，丛林制度与佛教的戒律有很大不同，实际上却是以戒律为根本，丛林制度是佛教中国化的一种表现。
丛林制度的组织管理模式
丛林制度下，丛林组织的首领名为住持，为住持正法之意，因其在寺中所住之地叫做方丈（面积只有方丈之地），所以也被称为方丈。住持是全寺的主僧，执掌全寺的教育、行政事务、行为规范以及经济财务等。丛林制度规定，住持的人选由僧众们推举产生，并且要具备以下几个条件：一、必须是禅宗的得法弟子，为众僧表率，而且形体端正健康，没有残缺；二、要受众僧拥戴；三、必须得到政府的同意。丛林制度的住持任职有一定期限，到期必须交接，交接后称为退院老和尚，并不再过问寺务。住持除了要处理寺中的各种日常事务外，还要负责选拔僧众任职各种执事（具体负责某一方面事务的管理人员），这种行为叫做请职，请职不是命令，而是一种礼聘行为。住持在处理事关全寺的大事时，必须召开全体执事会议经讨论后才作决定。
丛林制度的经济制度
百丈怀海禅师首倡一日不做，一日不食的农禅佛教经济，从此禅宗僧尼就一改自己不生产，专靠乞食为生的生活修行习惯。虽然农禅制度在当时也受到了许多人的反对，但他却适应了中国农耕社会的国情，对中国佛教的生存和发展起到了积极的作用。在历史上几次重大的灭佛运动中，禅宗损失最小，对此丛林制度可说是功不可没。丛林制度的农禅经济有一整套的严格规定，在这里略举两例：一、出坡，这是丛林制度对从事农业生产劳动的专业术语，自百丈禅师以来，它便被列为禅僧们每日的功课，出坡时，住持必须躬先领头，为人表率，然后全寺上下一起参加；二、公众，是指丛林制度寺院的一切开支和收入必须全部公开，收入的钱粮，都要用于为僧众们谋福利，改善僧众的生活，如果确有盈余，那就添购土地田产，以备将来之需。
丛林制度中除农禅经济外，最有特点的是讨褡。所谓讨褡，是指只要僧人受戒出家后，都可以在丛林中食、住生活的制度。讨褡大致可以分为两种类别：一、挂单，是指短时期小住的僧人，挂单者须先到客堂，按照一定的仪式，作礼招呼，并依一定的禅门术语，询问情况，经过寺院知客的允许后，才可以住下；二、挂海褡，是指要在该寺常住修学的僧人二这样的僧人必须先要在寺中住些日子，经过知客师及各执事们的考察，得到认可才能正式住下来，丛林制度规定，常住的僧人每年可以领两次衣衬钱，用来缝制衣服，此外每季还发一次零用钱，叫做单资。
丛林制度的禅堂
佛教的殿、堂是寺庙中不同建筑的名称。殿是供奉佛和菩萨像，进行礼拜祈祷的场所，堂则是供僧众们日常生活、传道说法的地方。殿的具体名称一般按其所供奉的具体佛、菩萨的名称来命名，比如有药师殿、三圣殿、弥勒殿等。堂一般按其具体的用途来命名，比如：用来安置祖师像的堂有开山堂、祖师堂等；用来讲法修道的堂有法堂、念佛堂等；用来日常生活的堂有斋堂、客堂、茶堂等。佛教的主要殿堂一般都建在寺院的南北中轴线上，其余的则都建在正殿前后的两侧。
丛林制度的禅堂与一般的佛寺基本一致，但也有独特的地方。比如：一、丛林制度的禅堂规模较大，可以同时容纳几百人坐卧。每个僧人都有一个铺位，铺位之间都是连在一起的，这被称为长连床，铺位一般被安置在禅堂的四周，而中间则是个大空场，以供僧人踱步之用；二、别派的禅堂一般是不供佛像的，可丛林制度的禅堂却在中间的位置供奉一尊释迦牟尼的像，正对大门的位置还要再放上一个大座位，供住持使用。