别教是化法四教中的第三教，主要的教化对象是三界外的钝根菩萨。因此也可以说，别教根性的人，起点是相当高的，他们的福德、智慧、神通、威力，都是非常了不起，更重要的是已经超出了欲界、色界、无色界之三界。同时，虽然称为钝根，也只是相对于圆教菩萨而言。所谓根是指信根、精进根、念根、定根、慧根，这五根相较圆教菩萨迟钝，不能一行一切行，一位一切位，乃至一因迥出，不知三因圆具；一果不融，不知即心是佛等，所以称为钝根。
别教菩萨的特征是差别性，次第性。差别性指教、理、智、断、行、位、因、果八法，都是有别于前面的藏教、通教，以及后面的圆教，因此称之为别。又，次第性指修行方法各个不同，阶位也是有高低之别，互不相摄。因此修学的法门有无量无边；阶位上也有十住、十行、十回向、十地、等觉、妙觉的严格区别。
别教是独被菩萨的教法，没有声闻、缘觉的二乘。通教中利根的人，能够被接入别教，但是自被接入后，便成为别教的菩萨，不再称为声闻、缘觉。别教的菩萨修学无量法门，亲近无量诸佛，能度无量众生，佛初成道，说《华严经》，就是为别教菩萨所说。
别教的教法，有无量四谛，不思议生灭十二因缘，不思议六度、十度等。无量四谛是指四谛有无量相，是菩萨法，非是声闻、缘觉人所能知。
首先苦谛，苦有无量相，如人的苦总结来有四苦、八苦等，但是人活一辈子，依然有数不清的各式各样的痛苦。又比如地狱，有八寒八热、十六游增、一百八狱、乃至八万四千鬲子地狱，等等。每一狱中，受苦的形状，也是多的数不清。人、地狱如此，畜生、饿鬼、阿修罗、天也是各有各的苦，所以说：苦有无量相，十法界不同故。
第二是集有无量相，集指的是烦恼，生而为人，相信对于烦恼的感知，每人必定是有亲身体会。若是按四惑来说，见惑就有单四见、复四见、具足四见、六十二见、一百八见等，一一见有八十八使。光是见惑就已经无量，何况还有思惑、尘沙惑、无明惑。所以说：集有无量相，五住烦恼不同故。
第三道有无量相，道指修道的方法，如大小二乘，偏、圆、权、实，各有八万四千法门，一佛的法门，就如恒河沙一样多，何况十方诸佛的法门，所以说：道有无量相，恒沙佛法不同故。
第四灭有无量相，法门既已无量，由法门所趣入的指归，也必然是无量，所以说：灭有无量相，诸波罗蜜不同故。以上无量四谛的道理。
不思议生灭十二因缘，唯是三界外大菩萨的境界，声闻、缘觉，尚且不知，何况其他，所以称为不思议。别教菩萨虽离三界内的分段生死，依然有变易生死在，所以称为不思议生灭十二因缘。这种十二因缘，主要因为迷于中道真实义谛，不了心外无法，因此招感方便有余土中不思议变易生死和实报庄严土中不思议变易生死。具体分如下两种：
其一迷于中道真实义谛，不了心外无法，厌苦、断集、证灭、修道，是根本无明（无明）；因此根本无明，发起三界外偏真无漏行（行）；因此偏真无漏行，引生方便有余土中变易生死的识种（识）；因此识种，成无漏五阴（名色）；因此而起慧眼、慧耳等（六入）；因此而缘偏真谛理（触）；因此而起无漏正受（受）；因此而起涅槃法爱（爱）；因此而取著涅槃（取）；因此而润变易生死的识种，今生有芽（有）；因此而招感方便有余土中不思议变易生死（生和老死）。
其二迷于中道真实义谛，不了心外无法，诃弃真空，别修万行，是根本无明（无明）；因此根本无明，发起三界外入假神通行（行）；因此入假神通行，引生实报庄严土中变易生死的识种（识）；因此识种成亦有漏亦无漏五阴（名色）；因此而起法眼、法耳等（六入）；因此而缘三界外胜妙境界（触）；因此而生乐无乐受（受）；因此而起神通法爱（爱）；因此而于神通法爱，深生取著（取）；因此而润变易生死识种，令生有芽（有）；因此而招感实报庄严土中不思议变易生死（生和老死）。以上是不思议生灭十二因缘。
前面有提，别教菩萨阶位历历分明，各大乘经中，对别教阶位的说法，分有广略不同，最详的应是《璎珞经》明五十二阶位；《金光明经》只对十地及佛果进行说明；《涅槃经》中则是以五行的方式概括。各经中阶位分段虽不同，但别教次第性的特征依然还是牢牢把握的。
别教的观法，是次第三观。先修空观，观一切法，当体全空，不待分析。不仅空人我，也空法我，人法都空，见二空之理，是为真谛。此时断见思惑，成一切智，出分段生死；次修假观，观空而不住于空，从空入假，观一切法，虽如幻如化，而因果历然，毫发不爽。
在这基础上，广学佛法，利益众生，如此，便能见俗谛。此时断尘沙惑，成道种智，出方便土中的变易生死；次修中观，以前所修的空、假二观，都是入中观的方便，称为方便道。空、假二观已成，真、俗二谛已见，然后得入中道第一谛观，观一切诸法，当下具足空、假、中三谛，亲见不思议理性。
此时断无明惑，成一切种智，出实报土中的变易生死。到达中道的理性后，此时别教菩萨已登入初地，与圆教初住菩萨等同，以后的进修，就汇入圆教之流中，所证得的果是中道无住涅槃。
从这一点上，可以看出，圆教与别教的区别，就是是否能见中道的问题。圆教顿见中道，而别教需要一步步次第的进入中道，这也是说别教菩萨是钝根的原因所在。
别教的三宝，坐莲花藏世界，七宝菩提树下，大宝华王座，现圆满报身的佛为佛宝；无量四谛、不思议生灭十二因缘等是法宝；钝根菩萨是为僧宝。