一、如何加持母瓶：
首先，準备干净的母瓶与子瓶两种，若有佛堂者将其供在药师佛像前，能燃灯悬幡更好；并在两种水瓶上贴上药师咒轮。母瓶应容量较大可放多一点的水，子瓶不需太大方便携带；母子瓶都应保持有水。母瓶的下方放置药师咒的念佛机，子瓶放置于母瓶旁，并24小时不间断播放药师咒，以咒音的不可思议音波不间断的加持母瓶净水。若要用药师咒水利益他人时，可以从母瓶倒母水于子瓶使用，如此可保持母瓶之水有不间断的药师咒加持；母瓶每次取出水时必须剩有母水，不可全部取尽，之后再加入新水混入即可。
二、如何使用子瓶：
行者每日念108遍药师咒前，先以母瓶水倒满子瓶，再将子瓶放置于佛前念咒加持；念诵后再将加持过的水倒回母瓶中，这样母瓶也有行者亲自念诵的加持力。行者念诵完药师咒后，再将子瓶放回母瓶旁；子瓶之水也不可倒尽，约留十分之三的水于子瓶。另外在每次若要用药师咒水利益他人时，从母瓶倒母水加满子瓶，再由行者念药师心咒（唵 鞞杀逝鞞杀逝 鞞杀社三没揭帝 莎诃）108遍（时间允许可念更多遍）加持之后，发利益他人之菩提心，至诚祈求药师佛慈悲加持此水后，即可将子瓶带出使用。
另外也可随力参加药师法会，会后若有结缘药师咒水也可以混入母瓶水中。
三、此法的特殊有以下几点：
（1）全天候不间断加持：若以20秒念1遍药师咒的念佛机为例；等于一分钟念3遍，一小时念180遍，一天就有4320遍的药师咒加持；若一个月就有129600遍的药师咒加持，一年1555200遍加持。这是以念佛机咒音声波加持的部分。（若有速度更快的念佛机就可以更多遍。可以自己找适合的档案请念佛机厂商制作）
（2）行者亲自加持：行者每天必须持108遍（或更多遍）药师咒加持子瓶，再将子瓶之水倒入母瓶。这样一个月母瓶水就有3240遍行者亲自念诵的效果。
（3）再次加强效果：要使用前将母瓶水倒满子瓶，再于早晚课时于佛前念108遍药师咒心（唵 鞞杀逝鞞杀逝 鞞杀社三没揭帝 莎诃），再特别稟告药师佛这水是为了何人何事祈求，之后就可以使用咒水，如此便能自利利他。
（4）总汇加持：若参加法会结缘或有任何加持过的药师咒水也可以加入母瓶中。
四、药师咒功德开示集：
◎《药师琉璃光七佛本愿功德经》：『复次曼殊室利。彼药师琉璃光如来得菩提时。由本愿力观诸有情。遇众病苦瘦疟干消黄热等病。或被厌魅蛊道所中。或复短命或时横死。欲令是等病苦消除所求愿满。时彼世尊入三摩地。名曰灭除一切众生苦恼。既入定已。于肉髻中出大光明。光中演说大陀罗尼咒曰：
南谟薄伽伐帝 鞞杀社窭噜 薜琉璃钵喇婆 曷啰阇也 呾他揭多也 阿啰喝帝 三藐三勃陀也呾侄他唵 鞞杀逝鞞杀逝 鞞杀社三没揭帝 莎诃
尔时光中说此咒已。大地震动放大光明。一切众生病苦皆除受安隐乐。
曼殊室利。若见男子女人有病苦者。应当一心为彼病人清净澡漱或食或药或无虫水咒一百八遍与彼服食。所有病苦悉皆消灭。若有所求指心念诵。皆得如意无病延年。命终之后生彼世界。得不退转。乃至菩提。是故曼殊室利若有男子女人。于彼药师琉璃光如来。至心殷重恭敬供养者。常持此咒勿令废忘』
◎《药师如来念诵仪轨》：『若有受持此真言。能拔身中过去生死一切重罪。不复经历三途。免离九横超越众苦。十方世界随处安乐。自在无碍法应如是。』
◎如果每日持诵药师咒，一切诸佛菩萨与总摄一切诸佛大威势力的金刚手菩萨、四大天王和其他护法将会一直保护并引导我们。我们的一切恶业都会净除，迅速地息除疾病及魑魅伤害。
◎因为众生的心更堕落，一切也都更加堕落。食物和药物的力量减退，甚至咒语的力量也削弱了。所以现在修本尊法，都必须比以前持更多的咒。
不过，基于药师诸佛往昔许诺的力量，实际上药师咒在浊世反而更有威力。这是很有必要持诵药师咒的理由之一。
◎药师诸佛往昔曾经许诺，浊世众生所发的愿，必定要成功。每一尊药师佛都发过许多愿，要纾解众生的种种困境。
◎众生甚至只要听到药师佛的圣号或咒语，便不会堕恶趣。药师佛法门具有强大的威力，带来现前及究竟的成功。
◎修药师法及持药师咒，可除病离苦。
◎药师咒具有强大的威力，不仅限于疗愈疾病，也能够净化生者和亡者的业障。如果能够本着菩提心，在临终者或动物耳边，持诵药师佛的圣号和咒语，最好不过了，因为那将使他们不堕恶趣。
◎如果亡者已经听不见了，可以持药师佛咒，然后直接在他们身上吹气或者先在滑石粉、香水上吹气，然后把粉末、香水涂抹在他们身上。
◎修药师法甚至能够净化亡者，把他们从苦难中救脱出来。
◎持药师佛的咒语，然后在所吃的肉上面，或死尸、死者的骨头上面吹气，都很有利益，可以净除亡者的业障，使他们得以往生净土或上界。
◎如果你是肉食者，应当利益你所吃的被宰杀的动物。在吃肉之前，应当持诵这个强力的净障咒，而且猛力地回向，使那些动物即刻脱离恶趣，往生净土或上界，永不再堕恶趣。
◎即使动物或人已经死了几百年甚至上千年之久，心识还在恶趣，如果持诵药师佛咒之后，在他们的骨头上吹气，照样可以把心识迁移到净土或上界。
◎持诵药师佛咒语之后，也可以吹气在水上、沙上或滑石粉上，再洒在死亡的动物或人的骨头或皮肤上。这么做至少可以缩短亡者在恶趣受苦的时间。
◎修药师法不但对重病的人很有效，还会带来事业、修行或者其他事行的成功。
南无药师会上佛菩萨
南无善名称吉祥王如来
南无宝月智严光音自在王如来
南无金色宝光妙行成就如来
南无无忧最胜吉祥如来
南无法海雷音如来
南无法海胜慧游戏神通如来
南无药师琉璃光如来
南无日光遍照菩萨
南无月光遍照菩萨
奉请：
宫毗罗大将 跋折罗大将
迷佉罗大将 安捺罗大将
安怛罗大将 摩涅罗大将
因陀罗大将 波异罗大将
摩呼罗大将 真达罗大将
招度罗大将 鼻羯罗大将
海涛法师开示的药师咒水加持法：
一、祈请：
弟子星光“义工”至诚祈求大慈大悲药师琉璃光如来及药师海会诸大圣众，不违本誓，怜悯有情，加持此水。
二、求药师咒水法：
在念药师咒之前,合掌三称南无药师琉璃光如来,
1、在瓶子上用右手无名指写唵阿吽，
2、至诚祈求南无药师琉璃光如来加持此水(3遍)，
3、持诵药师咒（die ya ta ong bei kan ze bei kan ze ma ha bei kan ze la za sa mu ga die so ha 喋雅他 嗡 贝堪则 贝堪则 玛哈贝堪则 喇杂萨目 嘎喋梭哈）108遍，这时候跪念或是坐着念站着念都可以，持诵的时候可以观想药师琉璃光如来将药品放到我们准备的水瓶中，这样就可以求到药师咒水了。
药师药师灌顶真言(49遍）：
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。
药师灌顶真言注音：
nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。
bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。
ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。
ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō hē。