《清心咒》是明朝智真法师所传，也是唯一一个除了古佛经以外由后人自创的咒语，功用为清心定神，去烦止恶。
观自在菩萨，行深般若波罗蜜多时，照见五蕴皆空，渡一切苦厄。舍利子，色不异空，空不异色，色即是空，空即是色，受想行识，亦复如是。舍利子，是诸法空相，不生不灭，不垢不净，不增不减。是故，空中无色，无受想行识，无眼耳鼻舌身意，无色声香味触法，无眼界，乃至无意识界，无无明，亦无无明尽，乃至无老死，亦无老死尽，无苦集灭道，无智亦无得，以无所得故。菩提萨陀，依般若波罗蜜多故，心无挂碍，无挂碍故，无有恐怖，远离颠倒梦想，究竟涅槃。三世诸佛，依般若波罗蜜多故，得阿耨多罗三藐三菩提。故知，般若波罗蜜多，是大神咒，是大明咒，是无上咒，是无等等咒，能除一切苦，真实不虚，故说般若波罗蜜多咒，即说咒曰：
揭缔，揭缔，波罗揭缔，波罗僧揭缔，菩提萨婆呵。
佛头—— 南无佛驮耶。南无达摩耶。南无僧伽耶。南无本师释迦牟尼佛。南无大悲观世音菩萨。南无普庵祖师菩萨。南无百万火首金刚王菩萨。
起咒 ——咒首。迦迦迦研界。遮遮遮神惹。吒吒吒怛那。多多多檀那。波波波梵摩。
咒身——合尾 摩梵波波波。那檀多多多。那怛吒吒吒。惹神遮遮遮 界研迦迦迦。迦迦迦研界
一回
一段 回身-合尾 迦迦鸡鸡俱俱鸡。俱鸡俱。兼乔鸡。乔鸡兼。 界研迦迦迦。迦迦迦研界
二段 回身-合尾 遮遮支支朱朱支。朱支朱。占昭支。昭支占。 惹神遮遮遮。遮遮遮神惹
三段 回身-合尾 吒吒知知都都知。都知都。担多知。多知担。 那怛吒吒吒。吒吒吒怛那
四段 回身-合尾 多多谛谛多多谛。多谛多。谈多谛。多谛谈。 那檀多多多。多多多檀那
五段 回身-合尾 波波悲悲波波悲。波悲波。梵波悲。波悲梵。 摩梵波波波。波波波梵摩
六段 咒身-合尾 摩梵波波波。那檀多多多。那怛吒吒吒。惹神遮遮遮 界研迦迦迦。迦迦迦研界
二回
一段 回身-合尾 迦迦鸡鸡俱俱鸡乔兼。兼兼兼兼兼。验尧倪。尧倪验 界研迦迦迦。迦迦迦研界
二段 回身-合尾 遮遮支支朱朱支昭占。占占占占占。验尧倪。尧倪验 惹神遮遮遮。遮遮遮神惹
三段 回身-合尾 吒吒知知都都知多担。担担担担担。喃那呢。那呢喃 那怛吒吒吒。吒吒吒怛那
四段 回身-合尾 多多谛谛多多谛多谈。谈谈谈谈谈。喃那呢。那呢喃 那檀多多多。多多多檀那
五段 回身-合尾 波波悲悲波波悲波梵。梵梵梵梵梵。梵摩迷。摩迷梵 摩梵波波波。波波波梵摩
六段 咒身-合尾 摩梵波波波。那檀多多多。那怛吒吒吒。惹神遮遮遮 界研迦迦迦。迦迦迦研界
三回
一段 回身-合尾 迦迦鸡鸡俱俱耶。喻喻喻喻喻喻喻喻喻。 界研迦迦迦。迦迦迦研界
二段 回身-合尾 遮遮支支朱朱耶。喻喻喻喻喻喻喻喻喻。 惹神遮遮遮。遮遮遮神惹
三段 回身-合尾 吒吒知知都都耶。奴奴奴奴奴奴奴奴奴。 那怛吒吒吒。吒吒吒怛那
四段 回身-合尾 多多谛谛多多耶。奴奴奴奴奴奴奴奴奴。 那檀多多多。多多多檀那
五段 回身-合尾 波波悲悲波波耶。母母母母母母母母母。 摩梵波波波。波波波梵摩
六段 咒身-合尾 摩梵波波波。那檀多多多。那怛吒吒吒。惹神遮遮遮 界研迦迦迦。迦迦迦研界
佛尾，波多吒。遮迦耶。夜阑。阿瑟吒。萨海吒。漏泸漏泸吒。遮迦夜。挲婆。无数天龙八部，百万火首金刚。昨日方隅。今日佛地。普善到此。百无禁忌。