药师咒全文及注音：
nā mó bó qiéfá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。
bō lá pó。hé là shé yě。dá tā jiē duō yě。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。
ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tā。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì。 suō hē。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝。莎诃。
药师咒发音注解：
南谟：读作（nā那 mó摩），或读（ná拿 mó摩）（今人读此音居多），是“南无”的不同音译词。
薄：读音为（bó伯）。
鞞：有三种读法：（pí皮）、（bǐ比）、（bǐng丙）。这里念（pí皮）比较合适。因鞞通毗，“鞞杀社”，也译成“毗煞社”；“阿鞞跋致”，也译成“阿毗跋致”；“鞞嚧社那”，也译成“毗卢舍那”。（见《佛学大辞典》。）
窭：读作（jù巨）。
薜：读（bì毕）。
喇：古读（là辣），见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读（lǎ）（lā）（lá）。
喝啰阇也：此句中的“喝”，应读成（hé合），古音“合”。
阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以应该读作（hē诃）。
啰：各地多读成（là辣），此字与喇通假。
阇：读作（shé蛇）。
怛（dá答）他（tuō拖）揭多也。
怛（dá答）侄（zhí直）他（tuō拖）。
唵：读（ōng嗡）或读（ǎn俺）。藏语系佛教读（ōng嗡）音，汉语系佛教多读（ǎn俺）音。
三没（mó古音模）揭帝莎（suō通娑）诃。
药师咒释义：
南谟薄伽伐帝，鞞杀社窭噜，薜琉璃，钵喇婆，喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿啰喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵！鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，娑诃！
南无 --皈依礼敬，有时简短说皈命】。
薄伽伐帝 --即是【世尊】“薄伽梵”另一音译。因此念时帝音是轻声的 t音。
杀社 --“社”字发音现在有人注为“及牙-【-连音”，其实社字用台语发音(西牙连音)就很正确了。意思是【药】。
噜 --【师】现在也用“古鲁”。
薜琉璃 --这句也音译为“排都里牙”，即是【琉璃】
钵喇婆 --【光】的意思。
喝棉也 --【王】，因为药师佛为东方七佛之首(这依世尊提及的顺序而列)。
怛他揭多也 --【如来】(也译“打他噶打牙”)
阿棉喝帝 --【应供】
三藐三勃陀耶 --【正等正觉】
怛侄他 --【即是】也译为“所谓”。
身语意--【三身皈命】，即“真正的咒心”，真言门用来启动咒语之用。
杀逝、杀逝--【药、药】，“逝”(读音“接”)为多数词连用时的变音
杀社 --【药】，单用或连用一字时的结束词。
三没揭谛 --【自度度他】。“没”字音为“墨”字，有译为“母尔”。
娑诃 --【圆满达成】。也译为梭诃，或其它如“娑婆诃”等。
所以整句咒的意思是：
【皈命世尊药师琉璃光王如来应供正等正觉，即是三身皈命药、药、药，自度度他，圆满达成】
所以药师如来有三种药，身药、语药、意药，身药找医师，语药靠慈悲，意药便是清净心，三药能去病，三业障难自然消除，是不是很有道理？