药师经典自《拔除过罪生死得度经》以来，凡有五译，以玄奘三藏所译《药师琉璃光如来本愿功德经》为最流行，以义净三藏所译《药师琉璃光七佛本愿功德经》为最完整。吴老的《药师经法研究》一书，其释义、讲记、研究以净师译本为主而以奘师圆通显密之法。是释迦、药师、大日，非一非二，本师本尊一具之法。是般若空、般若不空双显之法。是法性、法相双融之法，是曼殊室利、执金刚对扬之法。是了生脱死，即在生活中了生死，以药物为第一性、性空为第二性来认识人生而改造人生，不离实际，不尚空谈，现前脚下立地起修之大法也。药师法既不离世间法，故必会通世间自然科学、社会科学以为研究，能破除宗教之偶像、教条和迷信等等。药师法既不离出世间法，故亦必会通佛法大小乘、显密教以为研究，才能破除世间之小我、妄执和邪见等等。至于药师法的本质就是药师定。《药师经》是药师法的说明，药师法是药师定的作用，而药师定的本质就是色、息、心法。人为色息心之一具，修药师定者，教人明乎自己色息心之所由具，以及如何用此色息心之所具而做顶天立地之人也。亦即教人如何在生活中了生死，而又在了生死中生活也。所以药师经法是教人生活做人之大法，是教人即生即身认识人身人生而改造人身人生之大法也。释迦为人间之本师，药师为人道之本尊，大日为天道之本尊。修密教者，修人道也。而修药师法者，是正修人道，以人合人，以人合天，天人合一也。故药师经法，是人间佛教正信正念、正知正见、正定正命之正法也。佛法三学，定为枢纽。就禅定自身性质而言，能修者为人自身，而所修者亦为人自身，斯即以人自身而修人自身，显见于外，密藏于内，显在其中，密亦在其中矣。能修者人，人为色息心之一具；所修者人，而人又为贪嗔痴之一体，转贪睼痴之一体为戒定慧之一体，转色身为琉璃光身，又在此色息心之一具。故禅定修法，总不外色法、息法、心法三门。此由人体自性而定，法尔如此，概莫能外。色息心三法具于一体，而一体又分色息心三法之用，三法相通而又法住法位。故三法虽融，却以因地方法侧重不同，而果地证得自然大异。佛法禅定，八万四千法门，摄之不外如来禅、祖师禅、秘密禅三大类。
如来禅以安般入手，都摄六根，较侧重于息法，祖师禅以观心为本体，较侧重于心法；秘密禅以六大四曼三密为体相用，较侧重于色法。故如来禅为破惑证真之禅，祖师禅为明心见性之禅，秘密禅为即身成佛之禅。人体有色息心三大要素之分支，生活有饮食、呼吸、睡眠三大活动之需要，法门有如来、祖师、秘密三大体系之类别，禅定亦因三大法系而展开。药师定者，融秘密禅修色之要，会如来禅修息之奥，通祖师禅修心之妙，以大食法（消化生理）修色，解决食色问题；以安般法（循环生理）修息，解决呼吸问题；以入寤法（大脑生理）修心，解决睡眠问题，实为现前做人做事之生活禅也。定有境界，有行相，有果证，皆待实修实证，凭空开口不得。以其在生活中实修实证，故日常做人做事，生活习惯，饮食起居，呼吸睡眠，举手投足，起心动念，言语云为，心境意识，均为修药师定之行境，所以会做人生活者，会通药师法，而不会做人生活者，必不会药师法，所以修学药师经法必需做人第一，学会生活。
《药师经》之根本在十二大愿。言为心声，愿为心师。世法做人之根本端在立志，佛法修行之根本首在发愿。圣贤讲立志，菩萨讲发愿，实质一也。心之所之曰志，心之所凝曰愿。行兹在兹，言兹在兹，念兹在兹，造次必如是，颠沛必如是，心境所凝，历劫不断，精诚所至，天地为开，是则为愿也。有药师之十二大愿，才有琉璃光世界，心大世界大，心净佛土净、愿真成就真也。人本具欲，心可发愿。愿之与欲，本体是一，用则有异。有我则欲，无我则愿；迷则是欲，觉则是愿；识则是欲，智则是愿；业则是欲，密则是愿。清净行欲，欲即是愿，贪嗔行愿，愿亦成欲。凡欲学药师经法者，必先立药师之大愿，修药师之大定，无我为人，净心行愿，因行真实，果地不虚，层层药师身，重重无尽意，必能以色身透法界，以法界透色身，现证药师本尊，圆满成就净琉璃光世界也。
近代大德倡导人间佛教思想，就是希望人人发药师愿，行药师行，修药师定，成药师身，转娑婆世界为人间净土。现前人间世，转成琉璃光，这就是药师如来十二大愿之根本总愿。他们应化人间世界之东方中国，承上启下，继往开来，正是乘此根本大愿而垂迹的。盖伊等均系药师会上之菩萨，其指教弘扬药师经法以当今日人间佛教之机，盖有由也。