藏传佛教主要有五大宗派，分别为宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派、格鲁派，简称藏传佛教五大宗派。
宁玛派
由于该派的僧人都戴红色僧帽，所以也被称为红教。公元11世纪，该派僧人运用印度佛教和西藏本土宗教苯教的教义教规，开展集体活动，形成了宁玛派，是藏传佛教中历史最悠久的宗派。宁玛派的特点是没有独立的寺院，也没有系统的教义和僧伽制度。
噶当派
公元1042年，阿底峡尊者入藏，他对西藏原有的佛教进行了整顿，系统整理了藏传佛教的教理和规范。公元1056年，他的弟子仲敦巴在藏北建立了热振寺，是噶当派创派之始。由于阿底峡的传承，此派对藏传佛教其他宗派都有重大影响。噶当派共有教典、教授、教诫三个主要支派。
萨迦派
公元1073年，西藏昆氏家族的昆贡却杰布在波布日山脚兴建了萨迦寺，向以昆氏家族为主的信徒传授以道果法为密法传承的新的教法系统，是萨迦派创派之始。1260年，萨迦派五祖八思巴被元朝政府册封为国师，自此之后，萨迦派的历代领袖，都受到元朝政府的册封和扶持，在西藏第一次确立了政教合一的地方政权。
噶举派
由玛尔巴译师开创，经米拉日巴瑜伽师的传承，直到达波拉杰大师时，才正式建立并成为正式的宗派。噶举派的教法分为两大系统：分别为玛尔巴并经米拉日巴传承下来的达波噶举和由琼波南觉开创的香巴噶举。其中达波噶举又发展为四大支、八小支等众多派别。在达波噶举众多支派中，噶玛噶举派是势力最强、影响最大的一支派别，也是藏传佛教中第一个采取活佛转世制度的宗派，在藏传佛教中占有极其重要的地位。
格鲁派
由于该派僧人戴黄色僧帽，所以又称黄教。格鲁派创教人宗喀巴，原为噶当派僧人，所以该派又被称为新噶当派。公元15世纪，格鲁派兴起，是藏传佛教各大教派中最晚兴起的一派。到了清代，该派的***与班禅两大转世系统都由清朝政府正式确认。格鲁派一举成为了西藏地方政权的执政宗派，也是藏传佛教后期最有影响力的宗派。