当我们持诵佛教咒语时，心里常常会妄念纷飞，甚至产生一些不恭敬的念头，我们还会因此而感到内疚、担忧和害怕，这时应该怎么办呢？
其实，持咒时能够发现自己不好的念头，这本身就是一个进步。因为，这说明我们开始反观自心了。持咒时出现的这些念头只是被“发现”了，而不是“增加”了。以前，我们心中不恭敬、不清净的念头一直存在，只是没有被发现而已。
在持咒的初期，我们会感觉杂念很多，简直像瀑布一样奔涌不息。这时我们要保持放松，只是去观察它就可以了，不要做任何制止，也不要随从它。念头是过去世业力的自然显现，都是无常的，可能几分钟，甚至几秒钟，念头就会自然消失，所以不要怕。如果刻意去制止念头，念头反而会变得更多，如古人所说：“欲除妄想，去一添两。”因此不用管它，你念你的咒，它起它的念头。就这样坚持下去，久而久之，念头就不会再像瀑布一样汹涌，而是慢慢舒缓下来，宛如平静流淌的河流。到最后，我们的心就会像大海一样宁静、博大、包容。当然，要做到这一点并不容易，还需要一个循序渐进、坚持不懈的过程。
对于不好的念头，在金刚乘中还有一种修行方法，那就是，当我们生起了不好的念头时，不仅不要担忧害怕，反而要感到高兴，希望这样的念头越多越好。因为我们要借此机会发愿——让他人心里不好的念头都汇聚到我心中，由我一个人来承受！只要他人的心永远离开杂念、永远保持清净，我愿意承受更多的杂念、替大家修行！这种方法属于自他交换，需要具备博大的胸怀和勇气，是修持菩提心的重要方法。
关于持咒，还有一个问题：对于初学者来说，持咒会有怎样的效果呢？持咒最真实的效果，只有佛陀才能了解。佛陀在成佛以前，经历过三大阿僧祇劫的修行。所以，以我们现在的水平，是不可能全然了解持咒的真实效果的。
但我们还是可以从以下几个方面来检验持咒的效果：学佛持咒以前，自己的脾气很大，持咒以后，脾气没有原来那么大了；持咒以前，跟大家相处总是会闹矛盾，现在与人相处能和睦一些了；持咒以前，心里想的都是自己，现在常常能够为父母、亲人和朋友们着想，想要照顾他们、帮助他们等等。如果持咒以后，自己开始朝这些方面发展了，就说明持咒已经取得了很好的效果。如果情况反之，那我们则需要好好反省自己了。