这句咒语连续三个“牟尼”的深义是“控制”。
第一个牟尼，指的是控制无明、贪婪与憎恶三毒的心，这三样东西会使你的生活悲惨。
第二个牟尼，指的是控制所有的烦恼与业，甚至包括你所做的善行，因为善行虽然带来世间享乐，仍然使心念不得调伏。
能够发展出前述的控制力量，就能完全解脱轮回了。但是，你不可能在一弹指之间，发展出这种力量，或是获得这份喜乐的自由，它是渐进的，非常缓慢地在意识里发展，最后达到圆满。
“嘛哈牟尼耶”代表的是最大的控制力量，甚至能够控制烦恼与业的习气，以及微细的对立意念。
发展到最高层次，得到完全的证悟，你就能够全面掌控，利益一切众生。这一定要慢慢开始，并且平顺的前进，实证不会突兀地发生，是稳健的实践，得到的成果。
慢慢开始，才能够轻松自在地持续下去，时时刻刻觉察到自己在做什么，进步了多少。
皈依佛、法、僧的时候，主要是承诺稳定你的业，表示你要看管住身体、语言、意念这三门，并且使所有的行动维持平衡，达到这份平衡的方法，就是禅修。
——节选梭巴仁波切《智慧的能量》
佛陀在经中亲口宣说；
任何人散步也好、安住也好，
在行住坐卧的过程中，
若能一直忆念本师释迦牟尼佛，
佛陀会恒时住于他面前，赐予加持。
我们平时念佛号 、诵咒语时，
应该想到佛陀因地时为众生如何发愿，
这些经历要一幕一幕浮现在眼前；
或者思维念一遍佛号的功德如何，
念一遍佛号的利益如何
或者把心专注于所观想的释迎牟尼佛身相上，
这样一边观想一边念诵。
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经中说仅以听闻我等本师之名号也逐渐于大菩提道中不退转。
《小般若经》中说：
“诸佛皆从此陀罗尼咒中生，
释迦佛亦依此陀罗尼咒之威力而成佛，
观世音依此现前菩萨胜果，
仅仅听闻此陀罗尼咒，
也将无勤获得广大福德并清净一切业障。
若修密咒（释迦牟尼佛心咒），
则无有魔障而成就。”
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其余经典中也说，念诵一遍此陀罗尼咒可清净
俱胝八十万亿劫中所造的一切罪业等具无量功德利益，
此乃释迦如来之殊胜心咒。