在十方无量的佛陀中，金刚萨埵是百尊之尊。百尊，即一切佛菩萨、空行、护法，都可摄于寂静、忿怒等百位本尊之中，而百尊又可摄于金刚萨埵一尊，所以称为百尊之尊。也就是说，十方诸佛可以摄于金刚萨埵，而金刚萨埵也可以幻化十方诸佛。这如同太阳与阳光，太阳可以散射无量的阳光，而阳光又摄于太阳。所以，只要修成了金刚萨埵，也就成就了百尊的功德。
尤其是对于忏悔，金刚萨埵有着不共愿力。诸佛菩萨都有无量的广大愿力，但针对众生的需求，也有各自强调的愿力。如阿弥陀佛的愿力，侧重于摄受往生极乐世界；药师佛的愿力，侧重增福延寿，消灾免难。而金刚萨埵，则是侧重于清净罪业。他未成佛之前，曾经发愿：“未来时，凡闻我名号、凡观想我、凡念诵我心咒的众生，无始以来之罪业悉得清净，若不清净，我不成佛。”他发下大愿，积累了无量福慧资粮，成就了佛果，所有发愿也都得以实现。
金刚萨埵是一切诸佛的本质，他源于法身佛智慧光明的显现，代表了一切智慧，是一切金刚乘教法的本源。所以，前行仪轨中，称其为“金刚总持”，并将一切坛城的总集根本上师与金刚萨埵无二观修。我们前往十方每一位佛陀面前，勤求忏悔方便法门，不如观修金刚萨埵与上师无二无别，以这种方式忏悔还更加殊胜，这是总集宝珠的修法，是所有忏悔法门之王。
有些上师的窍诀教言提到，修行如果遇到违缘，无法进步，一定要忏悔，一定要祈祷上师，这两点非常关键。因为祈祷上师，得到上师的加持，可以消除违缘；而念百字明忏悔，罪障清净了，就可以证悟心性。当然，祈祷上师时要虔诚、精进；念百字明时，要具足四种对治力，同时忆念自己的罪障，而且念诵尽量要清清楚楚。
外在的天灾人祸，内在的病痛或心结，所有痛苦都起因于烦恼罪业。而烦恼罪业由心所造，所以一切善恶苦乐的根源，就是心。《入菩萨行论》中说：“实语者佛言，一切诸畏惧，无量众苦痛，皆从心所生。”一切痛苦都是自己妄念恶心而造成。每个生命都被业力牵引，不断在轮回转生受苦。
有时候，旁人说了一句不经意的话，有人听了越想越生气，最后气到杀人放火，或是上吊、跳楼自杀。有人听了却没有感觉，还以为对方是在赞叹自己。同样一句话，为什么会有这样的差别呢？因为业力的不同。我们身体生病时，会找医生治病；心灵生病时，也应找心理医生。佛陀是大医王，他所教导的佛法可以医治心病，特别是对治现代医学难以觉察的业障之病。
为什么要忏悔呢？因为在修行道上，罪障会障碍我们证悟心性。为了让本具的心性光明能够显露，清净罪障就非常重要。所以，佛陀宣说了不可胜数的忏悔法门，其中最殊胜的，就是念修上师金刚萨埵。