有些弟子，接受了灌顶，却与金刚师兄弟发生严重矛盾，或者诽谤金刚上师，这就失坏了三昧耶戒。因此，在接受灌顶或听闻密法之前与之后，必须了解相关要守持的誓言。密宗三昧耶誓言，若详细分类，不下十万种。密宗诸续部中说：“三门即使一刹那离开三坛城之本性，也违越密宗誓言。”
在声闻乘中，若犯了一次根本堕戒，就像瓷器破碎一样，无法弥补;破了菩萨戒，就像珍宝的制品破了，可以依靠工匠巧手补合一样，可以依靠善知识来弥补;破了金刚乘的戒律，就像珍宝的制品有了凹陷，可以自己修补一样，依靠本尊、密咒、念修百字明等来忏悔，完全可以清净。可见，密宗誓言虽然听起来很可怕，但只要随时能提起正知正念，犯了戒律也容易忏悔。
如果违犯后，立刻忏悔，很容易清净;超过三年以上，一般来说，虽然作忏悔，也很难清净。这就像治病一样，在病情刚发作时，很容易救治，但如果一再拖延，到病情极为严重之时再去忏悔，就算医生有再好的医术，也会束手无策。同样的，罪业没有及时忏悔，它的力量会不断增长，等到恶业的力量极为强大之时，想再忏悔清净，为时已晚。当然，如果能够猛烈地持续忏悔，依然会对清净业障有很大帮助。
忏悔，是越及时越好，这一点非常重要，绝对不能轻忽，这是佛陀在密续里所讲的究竟之理。我们应该要在罪业刚刚生起时，就立刻忏悔。
有些人想要以咒力加持他人或去救人，想兼顾自利与利他，那就一定要先净除自己的语障，而清净语障最好的方法，就是修持念诵百字明咒。
养成日日忏悔的习惯，罪业就不会累积，否则，长期累积下来，会成为解脱的最大障碍。最好是每天至少不间断专心念诵二十一遍百字明，这个修起来不用花费太多时间，也不难做到。当然，如果能发愿每天专心持诵一百零八遍百字明，甚至更多，那就更好了。
我们可以发现，金刚萨埵整个修法，包含了皈依、发心、忏罪，也在上供下施时，累积了福德和智慧资粮，而金刚萨埵的本体是根本上师，也就是上师瑜伽。观想本尊降下甘露，清净罪障，是生起次第的净障法;最后安住在空性本觉中，是圆满次第的净障法。因此，在一个金刚萨埵修法中，等同于修持了所有仪轨的功效，是非常殊胜的善巧法门。
总之，金刚萨埵法门是集百部于一部的总体，所有寂静、忿怒本尊，全都摄于金刚萨埵中;金刚萨埵之本体为根本上师，所以也包括了上师瑜伽，是珍宝总集的观修法，是极为深奥究竟之法。其中百字明又是密咒之王，殊胜无比。所以，金刚萨埵修行之法，实为稀有究竟的法门。