药师咒是《佛教念诵集》中十小咒之一，来自《药师琉璃光如来本愿功德经》。经常念诵此咒，临终时可以往生净土琉璃世界，有八大菩萨护送到西方极乐世界。现生可以健康长寿，此咒有大威德，若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。
经言：曼殊师利！若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百八遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。
药师灌顶真言，修持读颂能拔一切业障、护持身心安康、使得消灾免难、去病却苦、得无量福慧。
许多人都听过药师佛的殊胜功德，药师法门是根据经典唐朝玄奘大师所译的《药师琉璃光如来本愿功德经》。在这部经中，释迦牟尼佛介绍出药师佛国，药师佛十二大愿度众生。并开示许多消灾延寿之妙法。以及东方净琉璃世界的种种殊妙，修学药师法门还有十二药叉大将，在佛前发愿守护，因此修持药师法门者，不仅能得到药师佛三尊的加持，亦可受到十二药叉大将的护念，感应迅速。
药师佛不忍众生深受病苦恶业缠身，入于除灭一切众生苦恼三摩地，顶髻放光、大地震动，宣说药师咒，我们如果发清净心、慈愍心，用一杯干净的水置于佛前，念108遍药师佛咒给病人饮用，必能早日解脱病苦。若能日日念诵此咒，能灭除恶业和病苦。
若有受病苦缠身者，尤其在这五浊恶世的时候，人们遭受病魔之苦，很多无明病、瘟疫横行，若能发清净心，持念药师佛咒，甚至能忏悔、素食，加持力更是加倍功效。
亦可兼念南无药师琉璃光如来圣号，若能观想药师佛像，功德也无量，大家都修行药师咒，身心自在、福慧圆满。