前秦弘始三年（公元401年），冯翊万年（今陕西西安一带）一个姓魏的人家。主妇寇氏半夜梦见天竺僧人将无数鲜花洒在自己的居室内，早晨醒来，便有了身孕。第二年二月八日，生出一个男孩。这天，家中弥漫了奇异的香气，不知从何而来的光明照耀墙壁，很久才熄灭。母亲看孩子生时有吉兆，便为他取名灵育。
这个孩子就是后来的法师玄高。
玄高小时，因受人们看重，又被称做世高，他十二岁便想辞亲入山修行，父母无论如何不答应。过了些天，一位书生来他家借宿，说自己想到中常山中隐居，父母一想，自己的孩子也早有此意，只是爱之过甚，割舍不下，现在何不让他随这书生进山呢？强留毕竟不行。事情就这样定了。傍晚，父母和村人送他们上路。第二天早上，又有村人来探望世高，父母惊诧不已，问道：昨天大家不是把他送走了吗？怎么现在又来呢？村人也摸不着头脑：什么？我们连他走都不知道，怎么会说送他呢父母猛然醒悟：原来迎送孩子的都是神人。
世高一上山，便要出家，山僧说：不行。父母不答应，怎能度你出家？他只好暂时软磨硬泡，交涉了好多天才得到允许。世高满足了愿望，一高兴连名字也改成了玄高，表示彻底背弃世俗，断绝尘缘。
玄高天性聪明，学习经典不假思索，十五岁便能为山僧说法。受戒以后，玄高专门研究禅律，他听说关中有位佛驮跋陀禅师在石羊寺弘法，便去拜师学习，只十来天便精通了禅法的妙处。跋陀不禁赞叹：善哉，善哉！这个佛子，能领悟到这样深的程度！执意不受师礼。
玄高手持锡杖云游到西秦（十六国之一，在今甘肃南部）隐居麦积山。山上有学僧百余人，都对他推崇备至。秦地高僧昙弘也恰在此地隐居，与玄高十分友善。外国禅师昙无毗游到西秦，讲授禅道，然而善心定于一处的三昧正受境界，幽深高妙，陇右僧众根本不接受，玄高听说后，便率徒众去从他受法，学了十天，昙无毗便要向他请教。
僧众一多，难免鱼龙混杂，有两个河南来的，外貌恭敬，心怀嫉妒，经常在背地里肆意作为，触犯戒律。他们趁昙无毗西行之际，向河南王的世子曼谗害玄高，说他积聚徒众，将成为祸患。世子听信谗言，当下便要对玄高动手，河南王不答应，他便将玄高赶到河北的林杨堂山。这座山古老相传，是神仙的住所。
玄高对这一场遭遇淡然处之，他神情自若，整天带着三百徒众修行，禅定境界日新月异。也许是他虔诚修炼的感应吧，禅堂的钟馨不敲自鸣，香炉的香也自然而然地散发气息。求仙问道者，不时来游玩，但从未受过毒虫猛兽的伤害。他的徒弟也精心修行，长进很快，其中陇西人玄绍深参诸种禅法，有很高的神力。他能让手指流出清香洁净的水，供玄高洗漱。他还常常弄到非世间所有的花与香，供奉给佛祖。
当初的昙弘法师，此时正在四川一带游历。河南王仰慕他的高名，派使者去请他。昙弘想了一想便答应下来。在河南，宾主的礼仪刚一行完，昙弘便对河南王说：大王既然见识深远，知道尊重高人，却为什么还听信谗言排斥玄高呢？我不远数千里，辛辛苦苦来这儿，难到是以为自己当得起您的邀请吗？不，我只是为了替他说清这件事而已。说完拂袖而出。河南王一时面红耳赤，便立即派使者恭请玄高。
徒众中，有的劝他不要下山，说：当初他们那样对待您，现在怎能轻易就去呢？玄高答道：出家人以普济众生为怀，不必计较以往。说服了徒弟，便收拾行装，准备下山，忽然狂风大做，电闪雷鸣，树林摧折，石头滚动起来，塞满了下山的路，众人一时变了脸色，玄高知道，这是山中神灵在阻拦他，便暗诵密咒：我曾发誓弘扬法，怎能在一个地方长久滞留呢？于是风停云散，顽石让路。玄高回到城中，上自王侯，下至臣民，都对他极其尊崇，以他为国师。
弘法完毕，玄高离开河南，来到西凉，国王沮渠蒙逊对他很是看重，他召集境内英才，发挥玄高的讲解。玄高的徒弟中有个西海（今青海东、甘肃兰州一带）人梵僧印，志量褊狭，有一点长进便自满自足，说自己已证得罗汉果，禅法再没有什么可参悟的。玄高见状，也不申斥，也不放任，他暗用神力，让僧印在禅定中，遍见十方无极世界，以及诸佛所说的不同法门。僧印整个夏天都花在了寻觅他所见的法门上，找来找去，发现没有穷尽，才猛然醒悟，顿时惭愧惊惧不已。
北魏攻打西凉，魏王拓跋焘的舅舅阳平王杜超恭请玄高。到达平城，他广泛传扬禅法，太子拓跋晃拜他为师。
拓跋晃遭受谗害，一时不知如何是好，便问玄高：师傅啊，这个虚而不实的罗网，使我白白地遭罪受苦，该怎么解脱呢？玄高便让他作金光明斋，虔诚忏悔七天。拓跋焘便做起很奇怪的梦，梦中他看见祖父和父亲手持利剑，言辞激烈，斥问他为何听信谗言，无故怀疑太子。拓跋焘惊出一身冷汗，马上召集群臣圆梦。群臣纷纷说：太子毫无过失，确实如先皇神灵所言，经过这件事，拓跋焘便对太子深信不疑，他下令太子协助处理政务，总揽一切。
崔皓和寇天师，是在拓跋焘处十分受宠的人，这两人害怕太子即位后夺掉他们的权柄，便四处扬言：当初太子确实有谋反的野心，只不过利用了玄高的道术，让先帝降梦，才得以掩盖，如果不将妖僧诛灭，后患无穷。拓跋焘闻之勃然大怒，下令将玄高投入狱中。在此以前玄高便早已秘密地对弟子们说：佛法要衰灭了，我和慧崇公，大概要首当其祸吧！慧崇是凉州人，正做尚书韩万德的门师。太平五年（公元444年〉九月，两人都被幽禁。 九月十五日，在平城东南角被害，玄高死时年仅四十三岁。
玄高被害时，门徒们并不知道，他们一个个焦虑地等待消息，夜不能寐。三更天忽然一道白光飞来，绕着佛塔转了三匝，飘进禅房，徒弟们惊诧不已，这时听见光中有声音说：我已死了。弟子们才知道真相，顿时寺内哭声大做，震的宿在树上的鸦雀都飞走了。
在六百里外的云中郡，玄高的大弟子玄畅早晨醒来，忽见一人前来告诉他师傅有难，并给他一匹日行六百里的马。玄畅扬鞭返回都城。徒弟们包将玄高的尸身运回，玄畅见状，抚尸痛哭，边哭边说：大法现在衰微了，还有复兴的一天吗？如果有，请和尚坐起来，和尚德行非同寻常，一定能做到。话音刚落，众人便见玄高微微睁开两眼，目光和悦，神色怡然，通体出汗，香气盈绕。稍停片刻便坐起来对弟子们说：佛法还应传扬，只是随外缘变化，有盛有衰。但你们要记住，盛衰是外在的事迹，佛理却清净永恒。我只有一点顾虑，你们不久就会和我一样，只有玄畅能够南行。你们死后，佛法便会再兴。你们要好好修心养性，不可动摇信仰，中途后悔。说完便卧下气绝。
北魏的僧正（管理佛教事务的官吏）法达，早就对玄高钦佩不已，但一直未能从他受业，忽闻噩耗，失声痛哭：圣人已逝，今后依傍何人呢？接连几天都不吃饭，不时地呼唤：玄高圣人进退无碍，为何不现一次形呢？一次话音刚落，便见玄高从空中降下，法达连忙顶礼膜拜，请求救护。
君罪业深重，实难相救，有什么办法呢？不过从今往后，你若依大乘法苦苦忏悔，会得较轻的报应。玄高慢慢地说。
脱离苦报以后，愿法师能救我。法达紧追不舍。
我心怀一切众生，怎么会单单救助你一个呢？玄高淡淡地回答。
法师与惠崇公转生何处呢？
崇公常常祈求往生乐土，现在已遂了心愿。我却愿生在恶世，救护挣扎于无边苦海中的众生，现在已转生阎浮提（须弥山南洲名，即人类所居之处）。
不知法师已修炼到什么境地？
我弟子中自然有人知道说完便不见了。
法达后来密秘寻访玄高的弟子，弟子们都说他是得忍菩萨。得忍菩萨不留恋极乐世界，一再地降落到恶俗的尘世中。