前行修法之“内”加行，是以修法道之入门，也就是皈依的法教，来做开端。
我们皈依的对象是谁?是三宝，也就是藏人所称的“三个难得且无上者”，分别为佛、法、僧三者。认识三宝之珍贵是重要的。
三宝第一为佛陀。佛陀的功德以三身来展现：法身或究竟身，报身或乐受身，化身或示现身。法身以五智为表象：法界体性智、大圆镜智、平等觉智、妙观察智、成所作智。这五智显现为五方佛部的报身佛，恒时为其佛土的圆满菩萨眷众来转*轮。报身佛化现为凡夫俗子肉眼可见的外相，称为化身佛。释迦牟尼佛便是化身佛的首要例子。
三宝之二为佛法，乃佛陀为利有情众生的智慧展现，以使众生离于他们所深陷的痛苦与无明。
三宝之三为僧伽，包括所有修持佛陀证悟道之修行者。
三宝有“内”层的意义，即“三根本”：上师，为加持之根本；本尊，为成就之根本；空行，为证悟事业之根本。虽然名称不同，但这三者与三宝并无分别。上师为佛，本尊为法，空行与护法为僧。就最深层的意义来说，法身为佛，报身为法，化身为僧。
修持皈依时，观想面前有皈依众。我们不应认为所处的外在环境为凡俗或“不净”的世界，而应视其为具足一切圆满的清净佛土，包含黄金地、如意树、甘露海和众宝山。那里的所有声音，即使是小鸟的歌声与树叶的窸窣作响，都是咒音与对佛陀的称颂。仅是尝到如甘露之水，就能生起禅修之深境。
观想佛土中央有一株无可计量的如意树盛开绽放，以各种珍贵的物质做成：枝干为珠宝，树叶为黄金，花果为不同种类的宝石。在树枝中间垂吊以珊瑚、珍珠、琥珀、绿松石等做成之华鬟，饰有微小的铃铛，其发出的清脆声响皆为法音。
这株如意树有一个主干与四个枝干。主干上端有一个多种珠宝制成的宝座，由八只无畏狮子所托。宝座上有一朵彩色莲花，其上为日轮与月轮。月轮之上坐着根本上师——亦即我们自然生起最强烈信心的上师——他显现为珍贵的莲花生大师，坐在虹彩的光耀广空之中，灿烂微笑，充满智慧与慈悲。
其上虚空之中，从本初佛普贤王如来开始，直至莲师，三传承的所有祖师上下依序排列。在其身边则为我们具足信心之伟大上师，包括宁玛、噶举、萨迦、格鲁四派者。
四大枝干的前枝有释迦牟尼佛，周围乃贤劫一千零二尊佛。释迦牟尼佛身着三法衣，具足成佛者尊圣而耀眼的三十二大人相与八十随形好，例如顶髻、手掌与足心的法轮印等。
四大枝干的右枝有佛陀八大心子，亦即八大菩萨——文殊菩萨、观音菩萨、金刚手菩萨等——以及一切大乘的菩萨众。他们身着报身佛的五丝衣、八宝饰为庄严，各自站立，面向前，随时准备利益众生。
四大枝干的左枝有小乘僧众的尊贵僧团，领众者为佛陀两大弟子舍利弗与目犍连，并有十六罗汉、八大老宿与一切小乘的僧众，分别以不同的禅定姿势坐着，手持乞钵与乞杖。
四大枝干的后枝有三乘的所有经典，善妙排列在宝镶佛龛上，经名朝向我们。它们自然发出梵文母音与子音之声，以及《般若波罗蜜多》与一切大乘经典之法教。这些经典象征“所传之法”，即所撰写之法教，与“所悟之法”，即所证悟之功德性质。
在虚空周围与枝干之间，六部密续的嘿鲁嘎众，以及勇父、空行与护法众如云聚。男众护法如贡波曼宁、雷丹、四臂大黑天、六臂大黑天、桑耶寺的守护神多杰雷巴、罗睺罗等，脸朝外以除去我们修法的障碍。女众护法如一发母、长寿王母等，脸朝内以避免加持与成就外漏。
上述一切本尊与上师充满虚空，犹如蜂窝刚被开启时群蜂涌出般密集。我们的观想应十分清楚，观想他们透明而生动，犹如虹光，闪耀着智慧、慈悲与大力。
观想自己站在皈依众前，面向皈依众。在我们右方为我们这一生的父亲，左方为母亲。在我们后面与身旁为六道众生，前方则为我们视为敌怨的众生。想像自己为领众之首。面对皈依圣众，带领他们以身为敬一起顶礼，以语而诵皈依愿文，以意而生对皈依众之完全信心。
我们必须以大乘之大愿来皈依，亦即不是为了此生而皈依，而是直至证悟为止。同时不是为了自己，而是为了令一切有情众生同登佛果。
行者实际念诵如下：
南无!
直至我等皆证悟，
至心皈依三根本。
行者念诵皈依文并同时顶礼十万次(在实修时，犹如本续所开示，我们在此念诵四句文，其中包括两句发菩提心之愿文)。
在每座修法结束时，观想全体皈依圣众发出智慧的光耀，碰触自身与一切有情，清净一切痛苦与障蔽，并令智慧生起于自心。接着，我等众生像是被丢掷的石头所惊动的一群飞鸟般飞向皈依圣众，融入莲师。传承上师、本尊、空行、护法一一化光融入莲师。此时莲师变得更加光耀地坐于虚空中，是为光彩夺目的诸佛总集尊。最后，犹如彩虹消失于空中，莲师融人明空之虚空中。于此状态安住片刻。
如是空明之广大其实就是自心本性。于此究竟离戏状态之中安住，将可令行者了悟自心空性之本性即为法身；其表象，光明或智慧，即是报身；其示现，遍入一切之慈悲，即为化身。行者将可了悟，三宝皈依圣众并非在自身之外，而是本然具足于自心。此即究竟的皈依。
在修持皈依时，如同在修持其他任何法门或事业一般，必须运用“三善法”。首先，做为准备，我们应该生起为利有情众生而修法之愿；其次，我们必须完全专注于修法本身；最终，我们应该回向功德以利众生。
在此，我们首先要思维自己是为了利益一切有情而皈依，以此做为预备。至于修法的主轴，则以完全的专注、全然的信心来皈依佛、法、僧及上师、本尊、空行。“信心”的意义是，即使受苦于热、寒，受困于疾病、不顺心或其他痛苦，时刻皆只仰赖三宝与三根本。在任何情况下，即使可能危及性命，也绝不离弃他们。做到这种程度，我们的皈依已经真诚了。
当我们皈依了究竟证悟之佛陀，就不要再在天界的众生、财神或大力之神、各种自然元素的力量、精灵鬼怪、星辰、山神等身上寻找皈依，因为他们都未超越轮回。由于佛的塑像或画像是佛陀色身之代表，行者必须对其恭敬(即使是一块破碎的塑像)，并将之放置于干净、较高之处。
当我们皈依了佛法，因佛法之根本在于利益他人之愿，就应当舍弃对有情众生的一切形式之暴力行为。而经文为佛法之支柱、且能引领证悟之道，因此行者绝对不可跨过书籍，甚至避免踩在任何有文字书写的东西之上——即使只是一个字母——因为它可以成为佛陀名号的一部分。不应随意处理写有东西的物品，或放于肮脏之处，而应将之置于高处。如果必须丢弃，应在干净的地方烧毁之。
当我们皈依了僧众，就应该避免和见地、生活方式与佛法完全抵触的人相处。行者对小乘僧众之僧师与尼师，以及大乘僧众之菩萨等，应具有恭敬心与信心。
简言之，皈依的精要在于，无论人生境遇是好或坏，都对三宝等皈依圣众具足完全信心。如果遇到愉快或善缘的情境，我们应该思维，那全然是来自三宝的仁慈与加持。我们应感谢并回向快乐予一切有情，希望他们也能享有如是快乐。如果碰到艰困的情境，生病、失去所有、被人批评、遭受嘲弄等，我们应思维，在无量过去世中所作的恶行，原本会令我们投生轮回下三道，但由于上师与三宝之慈悲，以及我们对他们的信心力量，今日经由病痛与艰困的体验，而有机会清净可能投生下三道之业报。我们也应祈愿：“经由我的痛苦，愿我承担一切正在承受相同艰困之众生的痛苦。愿此艰困能帮助我在证悟道上有所进展。”
在所有日常活动当中，你必须随时持守对皈依圣众之仰赖。例如，行走时，思惟皈依圣众在右肩稍上之处，恭敬绕行之。饮食中，思维我们把食物的第一部分供养三宝，然后吃剩下的部分，仿佛它们已被三宝加持后还予我们。穿新衣时，先思维将之供养三宝。到了夜间，思惟皈依圣众安住头顶，光亮而清晰，然后入睡，心中充满信心。
若有了全然的信心，三宝的加持就不难来到。若无信心，便是把自己与加持隔绝。阳光照耀世界所有人，但唯有将之集中于放大镜，才能让干草生火。类似地，若有信心和虔诚的放大镜，上师的加持便会燃烧于内。
信心有不同的层次。首先，当我们听到三宝的功德及佛陀与大师的生平时，若心中充满喜悦与清明，同时觉知有所改变，即所谓清楚的信心。当我们思惟佛陀与大师的生平时，若一心想要知道更多如是功德，并强烈渴望自身也能获此功德，称之为渴求的信心。经由修行，我们获得对法教真谛与佛陀证悟之全然信心，即俱信的信心。最后，当信心全然成为我们的一部分、甚至生命受到威胁仍不舍弃时，表示已成为不退转的信心。
信心是所有佛法修持的基础。没有任何法门不以对皈依圣众之信心做基础，即使是大手印或大圆满亦然。皈依是基础，也是修法的开端。若我们了解皈依的甚深意义，则皈依也是究竟的目的，亦即自心即佛的了悟。因此，从今直至证悟，皈依应为行者修法的必要部分。